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Dandi的Docker镜像,提供集成MATLAB的Jupyter环境,需用户自备MATLAB许可证,包含matnwb v2.6.0.0和Brain-Observatory-Toolbox v0.9.2插件,支持通过浏览器访问MATLAB,适用于数据分析场景。
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MATLAB Docker镜像

镜像概述和主要用途

该MATLAB Docker镜像是Dandi项目提供的Docker镜像之一,基于MATLAB Integration for Jupyter的自建镜像(BYOI)构建。它集成了matlab-proxy(支持通过浏览器与MATLAB通信)和jupyter-matlab-proxy(实现Jupyter与MATLAB的集成)。

镜像预装以下插件:

  • matnwb v2.6.0.0
  • Brain-Observatory-Toolbox v0.9.2

注意:使用此镜像需自备MATLAB许可证。

核心功能和特性

  • Jupyter与MATLAB深度集成:在Jupyter环境中直接调用MATLAB功能
  • 浏览器访问支持:通过matlab-proxy实现浏览器访问MATLAB
  • 预装专业插件:内置神经科学数据分析工具matnwb和Brain-Observatory-Toolbox
  • 插件扩展灵活:支持通过修改Dockerfile自定义添加/移除插件
  • 自动化插件管理:构建时自动下载插件,MATLAB启动时自动添加至路径

使用场景和适用范围

适用于需要在Jupyter环境中使用MATLAB进行数据分析的研究人员,尤其适合处理神经科学数据(如NWB格式数据)的科研场景。

使用方法和配置说明

构建镜像

假设已克隆仓库并进入docker目录,执行以下命令构建镜像:

[source, bash]

docker build -t dandi-matlab - < Dockerfile.matlab

构建完成后,镜像将被标记为dandi-matlab。

运行容器

运行容器需指定端口映射,将容器内部端口(固定为8888)映射到主机端口:

[source, bash]

docker run -p 8888:8888 dandi-matlab:latest

  • 语法说明:-p [主机端口]:[容器端口],主机端口可根据系统情况修改

容器启动后,查看日志获取访问链接,示例如下:

[source]

To access the server, open this file in a browser: file:///home/jovyan/.local/share/jupyter/runtime/jpserver-6-open.html Or copy and paste one of these URLs: [] or []

本地访问时,复制127.0.0.1:8888/...格式的链接到浏览器。注意:若修改了主机端口,需同步更新链接中的端口号。

关闭会话

为避免MATLAB许可证会话残留问题,需正确关闭会话:

  1. 点击MATLAB顶部栏上方的“MATLAB Jupyter Setting”按钮
  2. 如需关闭MATLAB会话,点击“Stop MATLAB Session”
  3. 如需退出Jupyter会话,点击“Sign Out”

注意:未正常关闭会话可能导致许可证被持续占用,需等待会话超时后才能重新连接。

添加新插件

可通过修改Dockerfile中的ARG ADDONS变量添加或移除插件。注意:插件下载链接必须是指向.zip文件的发布链接。

插件注册机制

插件注册分为两个阶段:

  1. 镜像构建时:ADDONS变量引用的插件将被下载并提取至/opt/extras/dandi目录
  2. MATLAB启动时:MATLAB自动扫描该目录,将所有插件添加至MATLAB路径(通过构建时修改startup.m实现)

如需插件额外激活操作,可在startup.m的以下位置添加代码: [source,dockerfile]

% ADD HERE EXTRA ACTIONS FOR YOUR ADD-ON IF REQUIRED!

自定义容器

可通过修改Dockerfile.matlab中的以下变量自定义容器:

  • ADDONS_DIR:插件存储目录(默认/opt/extras/dandi),修改时需确保Jupyter用户有读写权限
  • ADDONS_RELEASE:指定版本的插件列表
  • ADDONS_LATEST:GitHub仓库最新版本的插件列表
查看更多 dandihub 相关镜像 →

常见问题

轩辕镜像免费版与专业版有什么区别?

免费版仅支持 Docker Hub 加速,不承诺可用性和速度;专业版支持更多镜像源,保证可用性和稳定速度,提供优先客服响应。

轩辕镜像免费版与专业版有分别支持哪些镜像?

免费版仅支持 docker.io;专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等。

流量耗尽错误提示

当返回 402 Payment Required 错误时,表示流量已耗尽,需要充值流量包以恢复服务。

410 错误问题

通常由 Docker 版本过低导致,需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。

manifest unknown 错误

先检查 Docker 版本,版本过低则升级;版本正常则验证镜像信息是否正确。

镜像拉取成功后,如何去掉轩辕镜像域名前缀?

使用 docker tag 命令为镜像打上新标签,去掉域名前缀,使镜像名称更简洁。

查看全部问题→

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