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sashimi

datacite/sashimi

datacite
自动构建

DataCite Sashimi是一个仅提供API的应用程序,用于存储和管理SUSHI格式的使用报告,遵循RESEARCH_DATA_SUSHI规范,支持报告的提交、查询和检索。

下载次数: 0状态:自动构建维护者:datacite仓库类型:镜像最近更新:3 年前
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如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具,协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题,请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。

只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可:

请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求:

https://xuanyuan.cloud/agents.md

在未充分阅读并理解该文档前,不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。

查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式,不推荐豆包 AI;Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接,或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链,可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新,复制内容可能过期,建议定期检查。

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DataCite Usage Reports API

Sashimi是一个仅提供API的应用程序,用于处理SUSHI格式的使用报告。它接收SUSHI格式的报告进行存储,并返回SUSHI报告集合供使用。该应用严格遵循RESEARCH_DATA_SUSHI规范。

服务文档

DataCite提供使用报告API服务。有关API参考和使用指南的描述,请访问:

  • API参考
  • 使用报告API指南

本文档其余部分涉及本仓库中软件的技术描述和使用方法。

安装

使用Docker安装:

docker run -p 8075:80 datacite/sashimi

现在可以将浏览器指向http://localhost:8075来使用该应用。

开发

我们使用Rspec进行单元测试和验收测试:

bundle exec rspec

技术描述

资源组件

数据使用API支持的主要资源组件包括:

  • reports(报告)
  • hearthbeat(心跳)

这些资源可单独使用,如下表所示:

资源描述
/reports返回中心中所有报告的列表
/hearthbeat返回服务状态

资源组件与标识符

资源组件可与标识符结合使用,以检索特定报告的元数据:

资源描述
/reports/{report-uid}返回指定报告的元数据。报告UID是符合RFC 4122的UUID。

提交报告

要添加报告,需要发送JSON内容,POST请求应在头中包含Content-Type: application/json和Accept: application/json。此外,还需要包含用于认证的JSON Web Token(JWT)。例如:

shell
curl --header "Content-Type: application/json; Accept: application/json" -H "X-Authorization: Bearer {YOUR_JWT}" -X POST https://api.datacite.org/reports

JSON示例:

json
{
  "report-header": {
    "report-name": "dataset report",
    "report-id": "dsr",
    "release": "rd1",
    "created": "2016-09-08t22:47:31z",
    "created-by": "dataone",
		"reporting-period": 
    {
        "begin-date": "2018-05-01",
        "end-date": "2018-05-30"
    },
    "report-filters": [
      {
        "name": "begin-date",
        "value": "2015-01"
      }
    ],
    "report-attributes": [
      {
        "name": "exclude-monthly-details",
        "value": "true"
      }
    ],
    "exceptions": [
      {
        "code": 3040,
        "severity": "warning",
        "message": "partial data returned.",
        "help-url": "string",
        "data": "usage data has not been processed for all requested months."
      }
    ]
  },
  "report-datasets": [
    {
      "dataset-title": "lake erie fish community data",
      "dataset-id": [
        {
          "type": "doi",
          "value": "0931-865"
        }
      ],
      "dataset-contributors": [
        {
          "type": "name",
          "value": "john smith"
        }
      ],
      "dataset-dates": [
        {
          "type": "pub-date",
          "value": "2002-01-15"
        }
      ],
      "dataset-attributes": [
        {
          "type": "dataset-version",
          "value": "vor"
        }
      ],
      "platform": "dataone",
      "publisher": "dataone",
      "publisher-id": [
        {
          "type": "orcid",
          "value": "1234-1234-1234-1234"
        }
      ],
      "data-type": "dataset",
      "yop": "2010",
      "access-method": "regular",
      "performance": [
        {
          "period": {
            "begin-date": "2015-01-01",
            "end-date": "2015-01-31"
          },
          "instance": [
            {
              "metric-type": "total-dataset-requests",
              "count": 21
            }
          ]
        }
      ]
    }
  ]
}

此外,可以使用PUT请求提交新报告并提供自己的'report_id'。只要报告符合Sushi模式且'report_id'是UUID,就会创建报告。

键和值

格式规范中定义了参数URL安全命名的允许和推荐字符。为了标准化参数名称,建议遵循以下(更严格的)规则:

  • 参数名称应以“a-z”(U+0061至U+007A)字符开头和结尾
  • 参数名称应仅包含“a-z”(U+0061至U+007A)、“0-9”(U+0030至U+0039)以及连字符(U+002D连字符,“-”)作为多个单词之间的分隔符。

报告存储

报告使用ActiveStore存储在S3桶中。我们选择存储在S3而非MYSQL中,因为如COUNTER文档所述,报告可能会变得相当大。

注册大型使用报告

使用报告可能会非常大,我们有两种方法处理大型报告的提交:压缩和分块。大型报告需要分割和压缩。我们设置了每个报告最多50,000个数据集的限制。

在这两种情况下,都需要在报告头中添加以下异常:

json
"exceptions": [{
  "code": 69,
  "severity": "warning",
  "message": "Report is compressed using gzip",
  "help-url": "https://github.com/datacite/sashimi",
  "data": "usage data needs to be uncompressed"
}]

发送压缩报告

建议压缩任何大于10MB的报告。以下是报告压缩的Ruby示例:

ruby
def compress file
  report = File.read(file)
  gzip = Zlib::GzipWriter.new(StringIO.new)
  string = JSON.parse(report).to_json
  gzip << string
  body = gzip.close.string
  body
end

发送压缩报告时,需要使用application/gzip作为Content-Type,并使用gzip作为Content-Encoding。例如:

ruby
URI = 'https://api.datacite.org/reports'

def post_file file
  
  headers = {
    content_type: "application/gzip",
    content_encoding: 'gzip',
    accept: 'gzip'
  }
  
  body = compress(file)

  request = Maremma.post(URI, data: body,
    bearer: ENV['TOKEN'],
    headers: headers,
    timeout: 100)
end

等效的Curl命令:

shell
$ curl --header "Content-Type: application/gzip; Content-Encoding: gzip" -H "X-Authorization: Bearer {YOUR-JSON-WEB-TOKEN}" -X POST https://api.datacite.org/reports/ -d @usage-report-compressed

分块发送使用报告

要创建包含超过50,000条记录的报告,只需使用相同的报告头进行多次POST请求。这将创建报告的分块。例如:

shell
POST /reports
POST /reports
POST /reports

要更新现有的压缩报告,先进行PUT请求,然后使用相同的报告头进行所需次数的POST请求。例如:

shell
PUT /reports/{report-id}
POST /reports
POST /reports

元数据验证

报告中元数据的验证分为两步。控制器负责检查字段是否存在。而模式验证在ActiveRecord保存之前执行。我们使用json-schema验证来实现这一点。

查询

支持非常基本的查询,且仅针对报告头中的字段。对于更复杂的查询,建议使用DataCite事件数据服务。在实际实例中,中心API会将每个新创建的报告推送到AWS SQS队列,由事件数据代理处理。

分页

分页遵循JSOANPI规范。

通过https://github.com/datacite/sashimi/issues%E5%85%B3%E6%B3%A8%E9%A1%B9%E7%9B%AE%E5%8A%A8%E6%80%81%E3%80%82

关于补丁/拉取请求的说明

  • Fork项目
  • 为新功能编写测试或复现错误的测试
  • 实现功能或修复错误
  • 不要修改Rakefile、版本或历史记录
  • 提交、推送并创建拉取请求。使用主题分支可获得额外加分。

许可证

Sashimi 根据https://github.com/datacite/sashimi/blob/master/LICENSE%E5%8F%91%E5%B8%83%E3%80%82

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本,请访问 标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 sashimi 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/datacite/sashimi:<标签>

使用方法:

  • 登录认证方式
  • 免认证方式

DockerHub 原生拉取命令

docker pull datacite/sashimi:<标签>

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