dbmi/gatk-docker

dbmi

自动构建

基于BWA-GATK的全基因组变异检测流水线Docker镜像，集成多种生物信息学工具，支持基因组数据的变异分析全流程。

下载次数: 0状态：自动构建维护者：dbmi仓库类型：镜像最近更新：9 年前

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只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：

请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：

https://xuanyuan.cloud/agents.md

在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。

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镜像标签列表与下载命令

GATK-Docker镜像

镜像概述

本Docker镜像用于实现基于BWA-GATK的全基因组变异检测流水线，包含完成该流程所需的所有工具和脚本。由哈佛医学院生物医学信息学系Peter Park实验室开发，镜像存储于Docker Hub，标签为dbmi/gatk-docker:v1。

核心功能

集成BWA、GATK（多版本）、Samtools、Picard、VarScan、Annovar等生物信息学工具
提供12个流水线脚本，覆盖从FastQ拆分到变异质量校准的完整流程
支持多CPU和内存配置，适配不同规模的基因组数据处理需求

使用场景

科研机构/实验室进行全基因组/外显子组测序数据的变异检测
临床前研究中的基因组变异分析
生物信息学教学中的变异检测流程演示

配置说明

前提条件

已安装Docker守护进程
需将AWS S3资源目录（s3://maestro-resources/）挂载到容器内的/resources路径

Docker部署示例

bash
# 拉取镜像
docker pull dbmi/gatk-docker:v1

# 运行容器（挂载本地资源目录到/resources）
docker run -v /path/to/local/resources:/resources -it dbmi/gatk-docker:v1 /bin/bash

流水线步骤

容器内/usr/local/bin/run_scripts/目录包含以下关键步骤脚本：

split_fastq.sh：拆分FastQ文件
align_sort_addrg.sh：序列比对、排序及添加Read Group
rmdup.sh：标记重复序列
realign.sh：Indel重对齐
bqsr1/2.sh：碱基质量重校准
merge_finalbam.sh：合并最终BAM
gvcf.sh：生成GVCF
hc.sh：Haplotype Caller变异 calling
vqsr.sh：变异质量分数重校准

每个脚本无参数运行时输出使用说明，例如：

bash
/usr/local/bin/run_scripts/split_fastq.sh

流水线示例命令

以下为完整流程的示例命令（需根据实际数据调整参数）：

bash
# 拆分FastQ
split_fastq.sh /output/TEST.R1.fastq.gz /output/S1 R1
split_fastq.sh /output/TEST.R2.fastq.gz /output/S1 R2

# 比对与RG添加
align_sort_addrg.sh /output/S1/ /output/S1.aln/ E00121_123_H7V72CCXX_5.001 L1 E00121_123_H7V72CCXX_5 S1 2 2G

# 标记重复
rmdup.sh /output/S1.aln/ /output/S1.rmdup/ E00121_123_H7V72CCXX_5.001,E00121_123_H7V72CCXX_6.001 S1 2G

# Indel重对齐
realign.sh /output/S1.rmdup/ /output/S1.realign/ S1 21 2 2G

# BQSR与变异calling
bqsr1.sh /output/S1.realign /output/S1.bqsr S1 21,decoy,unmapped 2 2G
gvcf.sh /output/S1.bqsr /output/gvcf S1 21 21:1-50000 2 2G
vqsr.sh /output/hc /output/vqsr S 2 2G

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 gatk-docker 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/dbmi/gatk-docker:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull dbmi/gatk-docker:<标签>

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