dceoy/samtools

samtools Docker镜像文档

镜像概述

samtools Docker镜像是docker-bio项目提供的生物信息学工具镜像之一，基于SAMtools软件构建。SAMtools是处理高通量测序数据的核心工具，主要用于SAM（Sequence Alignment/Map）和BAM（Binary Alignment/Map）格式文件的处理、转换、索引及变异检测支持，广泛应用于基因组学和转录组学研究。

核心功能与特性

• 文件格式处理：支持SAM与BAM格式之间的相互转换，以及BAM文件的排序、索引（.bai文件生成）
• 序列比对分析：提供比对质量控制、统计（如flagstat、idxstats）及区域提取功能
• 变异检测支持：与Bcftools等工具协同，支持从BAM文件中提取变异位点信息
• 高效性能：优化的容器化部署，确保在不同环境中一致的运行结果和高效处理能力

使用场景与适用范围

• 基因组测序数据（WGS、WES）的比对结果处理与质量评估
• 变异检测流程中BAM文件的预处理（排序、索引、区域筛选）
• 转录组测序（RNA-Seq）数据的比对结果分析
• 生物信息学管道（Pipeline）中的标准化数据处理步骤

使用方法与配置说明

基本使用（docker run）

1. 拉取镜像

bash
docker pull docker.xuanyuan.run/dceoy/samtools

2. 查看版本信息

bash
docker run --rm docker.xuanyuan.run/dceoy/samtools samtools --version

3. 处理BAM文件示例（排序与索引）

假设本地有输入BAM文件input.bam，输出目录为./output：

bash
docker run --rm -v $(pwd):/data docker.xuanyuan.run/dceoy/samtools \
  samtools sort -@ 4 -o /data/output/sorted.bam /data/input.bam

bash
docker run --rm -v $(pwd):/data docker.xuanyuan.run/dceoy/samtools \
  samtools index /data/output/sorted.bam

4. 统计BAM文件信息

bash
docker run --rm -v $(pwd):/data docker.xuanyuan.run/dceoy/samtools \
  samtools flagstat /data/output/sorted.bam

Docker Compose使用

1. 拉取镜像

bash
docker-compose pull samtools

2. 构建镜像（如需自定义）

bash
docker-compose build samtools

依赖工具

• print-github-tags：用于获取GitHub仓库标签或版本信息的轻量命令行工具
• clir：R包管理器的命令行界面工具

参考资料

• https://samtools.sourceforge.net/
• https://github.com/samtools/samtools
• https://github.com/dceoy/docker-bio