ebio/dekupl
ebio
DE-kupl是一个用于在RNA-Seq数据集中寻找差异表达k-mer的生物信息学分析流程。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：ebio仓库类型：镜像最近更新：8 年前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明 · 点击收起说明
如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。
只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：
请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：
https://xuanyuan.cloud/agents.md
在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
DE-kupl
DE-kupl是一个用于在RNA-Seq数据集中寻找差异表达k-mer的分析流程。Dekupl-run处理DE-kupl流程的第一部分，从原始FASTQ文件到从差异表达k-mer生成contigs。
参考文献
DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition
Jérôme Audoux, Nicolas Philippe, Rayan Chikhi, Mikaël Salson, Mélina Gallopin, Marc Gabriel, Jérémy Le Coz, Emilie Drouineau, Thérèse Commes and Daniel Gautheret
https://doi.org/10.1186/s***-017-1372-2
创建者与维护者
Emilie Drouineau: ***
联系方式
eBio: ***
运行DE-kupl
配置说明（config.json）
- fastq_dir: FASTQ文件所在位置
- nb_threads: 默认使用的线程数（除非在snakemake命令行中指定）
- kmer_length: k-mer长度（默认值：31），该值不应超过32
- lib_type: 双端文库类型（默认值：
rf），可指定rf（反向-正向链特异性文库）、fr（正向-反向链特异性文库）或unstranded（非链特异性文库） - output_dir: DE-kupl结果存储位置（默认值：
DEkupl_result） - dekupl_counter:
- min_reccurence: 支持一个k-mer的最小样本数
- min_recurrence_abundance: 用于筛选k-mer的最小丰度阈值
- Ttest:
- condition: 指定A和B两组条件
- pvalue_threshold: 认为k-mer差异表达的最小调整后p值（仅差异表达k-mer会被选中进行组装）
- log2fc_threshold: 认为k-mer差异表达的最小Log2倍变化值
- Samples: 样本数组，每个样本包含名称和条件，样本的FASTQ文件将通过以下命令定位：
fastq_dir/sample_name_{1,2}.fastq.gz
FAQ
若在config.json中添加新样本，需删除sample_conditions.tsv文件，以强制SnakeMake重新生成所有依赖该文件的目标。
选项
test: 获取测试数据以验证流程getconf: 获取运行DE-kupl的默认配置文件（config.json）nbthread: 运行时固定线程数，默认值为1run: 使用配置文件运行DE-kupl
Docker部署示例
bashdocker run --rm --privileged -v $(pwd):/data docker.xuanyuan.run/ebio/dekupl -nbthread [线程数] -run
Git仓库
官方GitHub仓库：https://github.com/Transipedia/dekupl-run/
工具版本
- R v3.3.2
- Python v3.4.3
- Snakemake v3.10.1
- GSNAP: 2017-01-14
- perl v5.18.2
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull ebio/dekupl:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"