ebispot/gwas-deposition-backend

GWAS Deposition App后端服务镜像概述

本镜像提供GWAS（全基因组关联研究）数据提交应用（Deposition App）的后端服务，是支撑GWAS数据提交流程的核心组件。该服务负责接收、验证、处理和存储用户提交的GWAS数据，同时提供API接口供前端应用或其他系统调用，确保数据提交过程的高效性和可靠性。

核心功能与特性

• 数据提交处理：接收并解析用户提交的GWAS数据文件（如CSV、TSV等格式）。
• 数据验证：对提交的数据进行格式校验、完整性检查和合规性验证，确保数据符合GWAS数据标准。
• 数据存储：将验证通过的数据安全存储至指定数据库（如PostgreSQL、MySQL等）。
• API接口：提供RESTful API接口，支持前端应用或第三方系统进行数据提交、查询和状态获取等操作。
• 日志与监控：记录数据处理过程日志，支持集成监控工具，便于问题排查和性能优化。

使用场景

• 科研机构或研究人员向GWAS数据中心、生物信息学平台提交GWAS研究数据。
• 基因组学数据库（如NHGRI-EBI GWAS Catalog）接收外部提交的GWAS数据。
• 生物信息学分析平台集成GWAS数据提交模块，实现数据提交自动化。

使用方法与配置说明

前提条件

• 已安装Docker Engine（20.10.0+版本）。
• 已配置数据库服务（如PostgreSQL），并获取数据库连接信息（地址、端口、用户名、密码等）。

快速启动

使用以下命令启动后端服务容器：

bash
docker run -d \
  --name gwas-deposition-backend \
  -p 8080:8080 \
  -e SPRING_DATASOURCE_URL=jdbc:postgresql://db-host:5432/gwas_db \
  -e SPRING_DATASOURCE_USERNAME=db_user \
  -e SPRING_DATASOURCE_PASSWORD=db_password \
  -e LOG_LEVEL=INFO \
  gwas-deposition-backend:latest

环境变量配置

验证服务可用性

服务启动后，可通过访问以下URL验证服务是否正常运行：

bash
curl http://localhost:8080/api/v1/health

若返回状态为UP，表示服务启动成功：

json
{"status":"UP"}

数据提交API示例

提交GWAS数据可通过POST请求调用/api/v1/submissions接口，示例：

bash
curl -X POST http://localhost:8080/api/v1/submissions \
  -H "Content-Type: multipart/form-data" \
  -F "file=@gwas_data.csv" \
  -F "study_id=STUDY_001" \
  -F "submitter=researcher@example.com"

持久化数据

为避免容器重启导致数据丢失，建议挂载数据卷保存日志和临时文件：

bash
docker run -d \
  --name gwas-deposition-backend \
  -p 8080:8080 \
  -e SPRING_DATASOURCE_URL=jdbc:postgresql://db-host:5432/gwas_db \
  -e SPRING_DATASOURCE_USERNAME=db_user \
  -e SPRING_DATASOURCE_PASSWORD=db_password \
  -v /local/logs:/app/logs \
  -v /local/tmp:/app/tmp \
  gwas-deposition-backend:latest

注意事项

• 数据库服务需提前部署并确保网络可达。
• 生产环境建议配置HTTPS，可通过反向代理（如Nginx）实现。
• 高并发场景下，建议调整JVM参数（如-Xms512m -Xmx1g）优化性能：

bash
docker run -d \
  --name gwas-deposition-backend \
  -p 8080:8080 \
  -e JAVA_OPTS="-Xms512m -Xmx1g" \
  [其他环境变量] \
  gwas-deposition-backend:latest