elembio/bases2fastq

Bases2Fastq Docker镜像文档

镜像概述和主要用途

Bases2Fastq用于对测序数据进行解复用，并将碱基调用（base calls）转换为FASTQ文件，以便使用兼容FASTQ格式的软件进行二级分析。Element AVITI™系统测序运行的主要输出为碱基文件（bases files），其中记录了碱基调用及相关的质量分数（Q值）。这些碱基文件必须转换为FASTQ格式才能进行二级分析。Bases2Fastq支持离线运行，并提供命令行界面（CLI）。

核心功能和特性

• 解复用测序数据并生成FASTQ文件
• 支持自定义运行参数覆盖（化学版本、流通池ID等）
• 提供灵活的过滤选项（排除特定tile、按lane拆分文件等）
• 生成QC报告和统计信息，支持跳过或包含特定报告
• 支持cyto-fastq生成，可按批次、孔位等限制生成范围
• 支持远程目录（通过Rclone）和本地目录的输入输出

使用场景和适用范围

适用于Element AVITI™系统测序数据的后处理流程，特别适合需要将原始碱基文件转换为FASTQ格式以进行后续二级分析的场景。可应用于科研机构、测序中心等需要处理AVITI™系统测序数据的实验室或分析平台。

使用方法和配置说明

官方文档

详细使用文档：[***]

拉取镜像

bash
docker pull elembio/bases2fastq:2.3.0

基本运行命令

bash
docker run elembio/bases2fastq:tagname bases2fastq [OPTIONS] ANALYSIS_DIRECTORY OUTPUT_DIRECTORY

命令行参数详解

Usage: bases2fastq [OPTIONS] ANALYSIS_DIRECTORY OUTPUT_DIRECTORY

位置参数:
	ANALYSIS_DIRECTORY                分析目录位置（包含测序数据的目录）
	OUTPUT_DIRECTORY                  输出保存位置（FASTQ文件及报告的保存目录）

可选参数:
	--chemistry-version VERSION       运行参数覆盖，指定化学版本
	--demux-only, -d                  仅生成解复用文件和索引统计信息，不生成FASTQ文件
	--detect-adapters                 检测适配器序列，覆盖运行清单中已有的序列
	--error-on-missing                遇缺失文件时终止执行（默认：跳过缺失文件并继续）
	--exclude-tile, -e SELECTION      排除匹配正则表达式的tile（可多次指定，例如：L1.*C0[23]S.）
	--filter-mask MASK                运行参数覆盖，自定义通过过滤掩码
	--flowcell-id FLOWCELL_ID         运行参数覆盖，指定流通池ID
	--force-index-orientation         不尝试检测I1/I2 reads的方向，使用运行清单中指定的方向
	--group-fastq                     将项目的所有FASTQ/统计信息/指标分组到项目文件夹（默认false）
	--help, -h                        显示帮助信息
	--i1-cycles NUM_CYCLES            运行参数覆盖，指定I1循环数
	--i2-cycles NUM_CYCLES            运行参数覆盖，指定I2循环数
	--include-tile, -i SELECTION      包含匹配正则表达式的tile（可多次指定，例如：L1.*C0[23]S.）
	--input-remote, NAME              远程分析目录的Rclone远程名称
	--kit-configuration KIT_CONFIG    运行参数覆盖，指定试剂盒配置
	--legacy-fastq                    使用旧版FASTQ命名格式（例如：SampleName_S1_L001_R1_001.fastq.gz）
	--log-level, -l LEVEL             日志级别（DEBUG、INFO、WARNING、ERROR，默认INFO）
	--no-error-on-invalid             跳过无效文件并继续执行（默认：无效文件导致执行终止）
	--no-projects                     禁用项目目录（默认false）
	--num-threads, -p NUMBER          线程数（默认1）
	--num-unassigned NUMBER           报告的未分配序列最大数量（默认30）
	--output-remote, NAME             远程输出目录的Rclone远程名称
	--preparation-workflow WORKFLOW   运行参数覆盖，指定制备工作流
	--qc-only                         仅生成单个tile的运行统计信息（需配合--include-tile/--exclude-tile使用）
	--r1-cycles NUM_CYCLES            运行参数覆盖，指定R1循环数
	--r2-cycles NUM_CYCLES            运行参数覆盖，指定R2循环数
	--run-manifest, -r PATH           指定运行清单位置，替代分析目录中的默认RunManifest.csv
	--settings SELECTION              运行清单设置覆盖（可多次指定）
	--skip-multi-qc                   不生成MultiQC HTML报告
	--skip-qc-report                  不生成HTML QC报告
	--split-lanes                     按lane拆分FASTQ文件
	--version, -v                     显示bases2fastq版本号

cyto-fastq可选参数:
	--batch BATCH                     限制cyto-fastq生成到匹配逗号分隔列表的批次（例如：--batch B01,B02,B03）
	--cyto-fastq-mask MASK            cyto fastq生成的循环掩码（可多次指定）
	--panel PANEL                     面板JSON的本地或远程路径
	--per-target-fastq                为每个DISS批次中每个细胞分配目标位点创建per-target fastq（依据TargetCellAssignmentManifest中的FastqMasks）
	--tca-manifest PATH               指定TargetCellAssignmentManifest位置，替代分析目录中的默认csv
	--group-well-label                按批次的孔标签分组FASTQ文件
	--well, -v                        限制cyto-fastq生成到匹配逗号分隔列表的孔位置（例如：--well A1,A2,B2）

许可证信息

使用受许可证约束，详情参见：[***]