fertinaz/gcc_8.3.0_gmx_2016.5
fertinaz
该镜像提供基于CentOS 7.6系统、GCC 8.3编译环境和OpenMPI 3的Gromacs 2016.5分子动力学模拟工具，适用于科学研究中的分子模拟计算。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：fertinaz仓库类型：镜像最近更新：7 年前
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镜像概述
本Docker镜像基于CentOS 7.6操作系统构建，预装GCC 8.3编译器、OpenMPI 3并行计算库及Gromacs 2016.5分子动力学模拟软件，为用户提供开箱即用的科学计算环境，无需手动配置依赖。
核心功能
- 支持分子动力学模拟的运行、结果分析与可视化
- 集成OpenMPI 3，可实现多节点/多核心并行计算，显著提升模拟效率
- 采用GCC 8.3优化编译，保障软件运行性能
使用场景
- 生物分子（蛋白质、核酸、脂质等）的结构动力学研究
- 材料科学领域的分子级模拟实验
- 科研机构或高校的分子动力学教学与实践
配置说明
镜像已预配置环境变量，直接调用gmx命令即可使用Gromacs功能；OpenMPI相关命令（如mpirun）也已就绪，可用于并行任务执行。
部署示例
基础运行
bashdocker run -it --rm docker.xuanyuan.run/fertinaz/gcc_8.3.0_gmx_2016.5 /bin/bash
进入容器后，可通过gmx -h查看Gromacs帮助信息。
并行模拟示例
bashdocker run -v $(pwd)/input:/data -it --rm docker.xuanyuan.run/fertinaz/gcc_8.3.0_gmx_2016.5 mpirun -np 4 gmx mdrun -deffnm /data/example
（注：需将本地输入文件目录挂载到容器内/data路径，替换example为实际输入文件名）
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
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docker pull fertinaz/gcc_8.3.0_gmx_2016.5:<标签>
镜像拉取常见问题
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Linux服务器
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