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fmalmeida/bacannot

fmalmeida

fmalmeida/bacannot的Docker自动化构建镜像，提供一个易用的基于Nextflow的原核生物基因组综合注释管道，集成多种先进工具实现从组装到功能注释的全流程分析。

1 次收藏下载次数: 0状态：社区镜像维护者：fmalmeida仓库类型：镜像最近更新：1 年前

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只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：

请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：

https://xuanyuan.cloud/agents.md

在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。

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镜像标签列表与下载命令

bacannot pipeline：原核生物基因组综合注释管道

概述

bacannot是一个易用的基于Nextflow的Docker化管道，采用最先进的软件进行原核生物基因组注释。它是多个工具的包装器，能够帮助更好地理解原核生物基因组，实现从基因组组装（若提供原始reads）到功能注释的全流程分析。

核心功能和特性

主要分析步骤及使用的软件/数据库

分析步骤	使用的软件或数据库
基因组组装（若提供原始reads）	https://github.com/fenderglass/Flye 和 https://github.com/rrwick/Unicycler
识别最近的10个NCBI Refseq基因组	https://github.com/phac-nml/refseq_masher
通用注释和基因预测	https://github.com/tseemann/prokka
rRNA预测	https://github.com/tseemann/barrnap
多位点序列分型（STs）分类	https://github.com/tseemann/mlst
KEGG KO注释和可视化	https://github.com/takaram/kofam_scan 和 https://github.com/bjtully/BioData/tree/master/KEGGDecoder
甲基化注释	https://github.com/jts/nanopolish
抗菌（AMR）基因注释	https://github.com/ncbi/amr/wiki%E3%80%81ARGminer%E3%80%81Resfinder 和 https://github.com/arpcard/rgi
毒力基因注释	Victors 和 VFDB
前噬菌体序列和基因注释	PHASTER 数据库、https://github.com/bobeobibo/phigaro 和 https://github.com/linsalrob/PhiSpy
整合接合元件注释	ICEberg
质粒的计算机检测	Plasmidfinder 和 https://github.com/oschwengers/platon
基因组岛的预测和可视化	https://github.com/brinkmanlab/islandpath 和 https://github.com/fmalmeida/gff-toolbox
插入序列的重点检测	https://github.com/janka2012/digIS
注释结果合并	bedtools
结果在基因组浏览器中的渲染	JBrowse
自动报告和Shiny应用的渲染	R Markdown 和 Shiny

使用场景和适用范围

适用于微生物学、基因组学等领域的研究人员，需要对原核生物（如细菌）基因组进行全面注释分析，包括基因组结构解析、功能基因预测、耐药基因和毒力基因检测、代谢通路注释等场景，可应用于基础研究、临床诊断、流行病学调查等方向。

详细使用方法和配置说明

系统要求

Unix-like操作系统（Linux、macOS等）
- Windows用户可通过Windows subsystem for Linux (WSL) 运行，参考：WSL安装指南、Nextflow文档
Java 8
Nextflow（版本 ≥ v20.07）
Docker

安装步骤

拉取Docker镜像
需拉取以下镜像（Nextflow也可在运行时自动下载）：

bash
docker pull fmalmeida/bacannot:v2.3
docker pull fmalmeida/bacannot:v2.3_renv
docker pull fmalmeida/bacannot:kofamscan
docker pull fmalmeida/bacannot:jbrowse
docker pull fmalmeida/bacannot:server  # 用于Shiny解析器
docker pull fmalmeida/mpgap  # 仅当使用原始reads作为输入时需要

安装Nextflow

bash
curl -s https://get.nextflow.io | bash

验证安装

bash
nextflow run fmalmeida/bacannot --help

数据库更新

默认情况下，GitHub Actions每月第一天构建包含数据库的Docker镜像（fmalmeida/bacannot:v2.3）。用户可通过以下命令手动更新数据库镜像：

bash
bash <(wget -O - -o /dev/null https://github.com/fmalmeida/bacannot/raw/master/bin/update_database_image.sh)

快速启动示例

以下示例使用大肠杆菌参考基因组运行管道：

下载大肠杆菌参考基因组

bash
wget -O ecoli_ref.fna.gz https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/000/008/865/GCF_000008865.2_ASM886v2/GCF_000008865.2_ASM886v2_genomic.fna.gz
gzip -d ecoli_ref.fna.gz

运行管道

bash
nextflow run fmalmeida/bacannot \
--prefix ecoli \
--genome ecoli_ref.fna \
--outdir _ANNOTATION \
--threads 4 \
--resfinder_species "Escherichia coli"

配置文件使用

建议通过配置文件设置参数，运行时只需执行：

bash
nextflow run fmalmeida/bacannot -c ./configuration-file

生成配置文件：

bash
nextflow run fmalmeida/bacannot --get_config

交互式图形配置和执行

通过NF tower（适用于云环境）

使用NF tower可快速自定义云环境配置并执行管道，支持通过表单输入参数。

通过nf-core launch（适用于本地执行）

安装nf-core：pip install nf-core
启动交互式配置：
```
bash
nf-core launch fmalmeida/bacannot
```
程序将在浏览器或命令行中打开交互式表单，配置完成后自动启动管道。

已知问题

Shiny服务器中报告和JBrowse标签指向旧样本
原因：浏览器数据存储和Cookie缓存。
解决：清除浏览器Cookie和数据缓存。
Shiny服务器中的JBrowse无法显示GC含量和甲基化图
解决：
- 导航至样本输出文件夹下的jbrowse目录，执行http-server（需安装http-server）；
- 下载JBrowse Desktop应用，并在应用中选择样本输出目录下的jbrowse/data文件夹。

引用

请使用Zenodo标签或GitHub URL引用本管道。同时，使用工具输出时请引用对应工具，工具列表见https://github.com/fmalmeida/bacannot/blob/master/markdown/list_of_tools.md%E3%80%82

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 bacannot 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/fmalmeida/bacannot:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull fmalmeida/bacannot:<标签>

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