fnndsc/pl-bulk-rename

批量重命名插件（pl-bulk-rename）

https://img.shields.io/docker/v/fnndsc/pl-bulk-rename?sort=semver](https://hub.docker.com/r/fnndsc/pl-bulk-rename) https://img.shields.io/github/license/fnndsc/pl-bulk-rename](https://github.com/FNNDSC/pl-bulk-rename/blob/main/LICENSE) https://github.com/FNNDSC/pl-bulk-rename/actions/workflows/ci.yml/badge.svg](https://github.com/FNNDSC/pl-bulk-rename/actions/workflows/ci.yml)

pl-bulk-rename是一个ChRIS平台的_ds_插件，通过正则表达式将输入目录中的文件复制到输出目录并赋予新名称。

镜像概述

该镜像作为ChRIS生态系统的一部分，提供批量重命名功能，支持文件和目录的正则匹配替换，可在ChRIS平台内或本地命令行（使用Apptainer/Singularity）运行。

核心功能

1. 正则匹配替换：基于regex crate的正则语法，支持文件/目录路径的匹配与替换。
2. 文件过滤：通过--filter参数筛选需要处理的目标文件/目录。
3. 跨环境运行：兼容ChRIS平台和本地命令行环境。

使用场景

• 科学实验数据整理：重组多实例实验结果，按主题或条件分类文件。
• 批量命名标准化：统一文件/目录命名格式，替换非描述性标识（如插件实例ID）。
• 目录结构调整：批量修改目录名称（添加前缀/后缀等）。

配置说明

主要参数：

• --filter：过滤规则，仅处理符合该正则的文件/目录。
• --expression：匹配文件/目录路径的正则表达式。
• --replace：替换规则，使用捕获组（如$1、$2）生成新名称。

部署示例

本地命令行使用（Apptainer）

查看可用选项：

shell
singularity exec docker://fnndsc/pl-bulk-rename bulkrename --help

示例1：重命名txt文件

将输入目录中所有.txt文件重命名为其父目录名称：

shell
bulkrename --filter '.*\.txt' \
           --expression '^(.*?)/(.*?)\.txt

### 示例2：添加目录前缀
给输入目录下的`a`、`b`、`c`子目录添加`pear_`前缀：
```shell
bulkrename --filter '^[abc]

## 实用场景示例
### 场景1：重组实验结果分支
在ChRIS平台中，将多实例实验结果按主题重组：
1. 使用`pl-topologicalcopy`合并多实例输出（按实例分组）。
2. 通过`pl-bulk-rename`将结果按主题分类，替换实例ID为描述性名称。

### 场景2：替换文件名称为描述性标识
将实验结果文件中的实例ID替换为实验参数（如因子值），使文件名更直观。
```shell
bulkrename --filter '.*/plinst4\.dat$' \
           --expression '^(.*)/(.*)$' \
           --replace '$1/experiment_factor_0.05_result.dat' \
           inputdir outputdir \
           --replace '$1.txt' \
           examples/input examples/filewise

示例2：添加目录前缀

给输入目录下的__CODE_TOKEN_10__、CODE_TOKEN_11、__CODE_TOKEN_12__子目录添加__CODE_TOKEN_13__前缀： CODE_TOKEN_2

实用场景示例

场景1：重组实验结果分支

在ChRIS平台中，将多实例实验结果按主题重组：

1. 使用__CODE_TOKEN_14__合并多实例输出（按实例分组）。
2. 通过__CODE_TOKEN_15__将结果按主题分类，替换实例ID为描述性名称。

场景2：替换文件名称为描述性标识

将实验结果文件中的实例ID替换为实验参数（如因子值），使文件名更直观。 CODE_TOKEN_16`shell bulkrename --filter './plinst4.dat$'
--expression '^(.)/(.*)$'
--replace '$1/experiment_factor_0.05_result.dat'
inputdir outputdir
--expression '([abc])'
--replace 'pear_$1'
examples/input examples/dirwise

## 实用场景示例
### 场景1：重组实验结果分支
在ChRIS平台中，将多实例实验结果按主题重组：
1. 使用__CODE_TOKEN_14__合并多实例输出（按实例分组）。
2. 通过__CODE_TOKEN_15__将结果按主题分类，替换实例ID为描述性名称。

### 场景2：替换文件名称为描述性标识
将实验结果文件中的实例ID替换为实验参数（如因子值），使文件名更直观。
__CODE_TOKEN_16__`shell
bulkrename --filter '.*/plinst4\.dat$' \
           --expression '^(.*)/(.*)$' \
           --replace '$1/experiment_factor_0.05_result.dat' \
           inputdir outputdir \
           --replace '$1.txt' \
           examples/input examples/filewise

示例2：添加目录前缀

给输入目录下的__CODE_TOKEN_10__、CODE_TOKEN_11、__CODE_TOKEN_12__子目录添加__CODE_TOKEN_13__前缀： CODE_TOKEN_2

实用场景示例

场景1：重组实验结果分支

在ChRIS平台中，将多实例实验结果按主题重组：

1. 使用__CODE_TOKEN_14__合并多实例输出（按实例分组）。
2. 通过__CODE_TOKEN_15__将结果按主题分类，替换实例ID为描述性名称。

场景2：替换文件名称为描述性标识

将实验结果文件中的实例ID替换为实验参数（如因子值），使文件名更直观。 CODE_TOKEN_16`shell bulkrename --filter './plinst4.dat$'
--expression '^(.)/(.*)$'
--replace '$1/experiment_factor_0.05_result.dat'
inputdir outputdir