garcianacho/fhisc2
garcianacho
FHI's pipeline for SARS-CoV-2
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：garcianacho仓库类型：镜像最近更新：4 年前
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如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。
只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：
请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：
https://xuanyuan.cloud/agents.md
在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
Descrition:
FHI's pipelines to analyze SARS-CoV-2 fastq sequences from Illumina and Nanopore sequencers.
Usage:
docker run -it --rm -v $(pwd):/home/docker/Fastq garcianacho/fhisc2:Illumina Illumina_V12.sh ArticV4
docker run -it --rm -v $(pwd):/home/docker/Fastq garcianacho/fhisc2:Nanopore Nanopore_V12.sh ArticV4
Folder structure:
Nanopore:
./_
|-ExperimentXX.xlsx
|-GridXXX
|-OppsettXXX
|-XXXXXXXXFAXXXXXXXXXX
|-fastq_pass
|-barcode1
|-XXXX_pass_barcode01_XXXX.fastq
|-YYYY_pass_barcode01_YYYY.fastq
|-barcode2
|-barcode3
|-....
Illumina
./_
|-ExperimentXX.xlsx
|-Sample1
|-Sample1_SX_LXXXX_R1.fastq.gz
|-Sample1_SX_LXXXX_R2.fastq.gz
|-Sample2
|-Sample3
|-...
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull garcianacho/fhisc2:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"