gdancik/shinygeo

gdancik/shinygeo镜像说明

镜像概述

gdancik/shinygeo是一个基于R/Shiny框架的Docker镜像，专注于Gene Expression Omnibus（GEO）数据集的分析。它通过直观的交互式界面，帮助用户高效处理、可视化和分析基因表达数据，满足学术研究和生物信息学分析的需求。

核心功能

• GEO数据集的快速导入与预处理
• 基因表达数据的交互式可视化（热图、火山图、散点图等）
• 差异表达基因筛选与基础统计分析
• 分析结果导出（支持CSV、PDF等格式）

使用场景

• 生物信息学研究人员分析公共GEO数据库中的基因表达数据
• 教育场景下学生实践基因数据分析操作
• 实验室团队协作处理和共享GEO数据集分析结果

配置说明

• 端口映射：默认使用3838端口，需将主机端口映射到容器的3838端口
• 数据挂载：通过-v参数将本地GEO数据目录挂载到容器内指定路径（如/data），方便直接分析本地数据

Docker部署示例

Docker Run命令

bash
docker run -d -p 3838:3838 docker.xuanyuan.run/gdancik/shinygeo

启动后访问http://localhost:3838即可使用应用。

Docker Compose配置

创建docker-compose.yml文件：

yaml
version: '3'
services:
  shinygeo:
    image: docker.xuanyuan.run/gdancik/shinygeo
    ports:
      - "3838:3838"
    volumes:
      - ./geo_data:/data  # 本地数据目录挂载到容器/data

执行docker-compose up -d启动服务。