genomehubs/blobtoolkit

BlobToolKit Docker镜像

包含BlobToolKit的所有代码和依赖。

概述

BlobToolKit已发表于：Challis et al. 2020, BlobToolKit – Interactive Quality Assessment of Genome Assemblies. G3 Genes|Genomes|Genetics, 10:4 1361–1374 doi:https://doi.org/10.1534/g3.119.400908

本容器通过https://github.com/blobtoolkit/blobtoolkit%E7%9A%84%E8%87%AA%E5%8A%A8%E5%8C%96%E6%9E%84%E5%BB%BA%E8%BF%9B%E8%A1%8C%E6%9B%B4%E6%96%B0%E3%80%82%E6%89%80%E6%9C%89%E5%9F%BA%E7%A1%80%E4%BB%A3%E7%A0%81%E5%9D%87%E5%9C%A8MIT%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E8%AF%81%E4%B8%8B%E5%85%8D%E8%B4%B9%E6%8F%90%E4%BE%9B%E3%80%82

BlobToolKit容器已用于超过10,000个公共组装的质量分析及污染物和共生体检测，相关结果可在blobtoolkit.genomehubs.org/view查看。

核心功能与特性

• 基因组组装质量交互式评估
• 污染物和共生体检测
• 支持多种数据类型整合（组装序列、BUSCO结果等）
• 提供交互式可视化查看器
• 命令行工具支持批量分析和图表生成

使用场景

• 基因组组装质量控制与评估
• 公共或私有基因组数据集污染物筛查
• 组装完整性和连续性分析
• 多组学数据整合分析

使用方法

运行BlobTools2

生成最小数据集

仅需组装FASTA文件即可生成最小数据集。容器内默认用户ID为1000，多用户系统中可能需要设置-u $UID:$GROUPS。

bash
docker run -it --rm --name btk \
           -u $UID:$GROUPS \
           -v /path/to/datasets:/blobtoolkit/datasets \
           -v /path/to/input/data:/blobtoolkit/data \
           docker.xuanyuan.run/genomehubs/blobtoolkit:latest \
           ./blobtools2/blobtools create \
           --fasta data/YOUR_ASSEMBLY.fasta \
           --taxid 1234 \
           --taxdump taxdump \
           datasets/YOUR_DATASET_ID

向数据集添加数据

查看器中的大多数视图需要加载额外数据。蜗牛图（snail plot）仅需组装信息即可加载，但也可选择显示BUSCO结果。

添加BUSCO结果使用blobtools add命令：

bash
docker run -it --rm --name btk \
           -u $UID:$GROUPS \
           -v /path/to/datasets:/blobtoolkit/datasets \
           -v /path/to/input/data:/blobtoolkit/data \
           docker.xuanyuan.run/genomehubs/blobtoolkit:latest \
           ./blobtools2/blobtools add \
           --busco data/BUSCO_FULL_TABLE.tsv \
           datasets/YOUR_DATASET_ID

有关添加其他分析的信息，请参见BlobTools2教程。

使用查看器

托管交互式查看器

在本地机器上运行此镜像，以交互方式查看数据集。

1. 启动容器，将包含数据集的目录挂载到/blobtoolkit/datasets（此处设置-u $UID:$GROUPS无效）：

bash
docker run -d --rm --name btk \
           -v /path/to/datasets:/blobtoolkit/datasets \
           -p 8000:8000 -p 8080:8080 \
           -e VIEWER=true \
           docker.xuanyuan.run/genomehubs/blobtoolkit:latest

2. 在浏览器中打开http://localhost:8080/view/all

命令行生成图表

在本地机器上运行此镜像，并使用docker exec执行BlobTools2的view命令。

1. 启动容器，挂载额外目录用于输出图像。若无需从docker外部访问查看器，可省略上述端口映射选项：

bash
docker run -d --rm --name btk \
           -v /path/to/datasets:/blobtoolkit/datasets \
           -v /path/to/output:/blobtoolkit/output \
           -e VIEWER=true \
           docker.xuanyuan.run/genomehubs/blobtoolkit:latest

2. 使用docker exec在同一容器中运行命令（在多用户系统上，要将图表写入输出目录，可能需要在运行前确保该目录可被UID 1000写入）：

• 累积图

  bash
  docker exec -it btk \
              ./blobtools2/blobtools view \
              --host http://localhost:8080 \
              --out output \
              --view cumulative \
              YOUR_DATASET_ID
  

• 蜗牛图

  bash
  docker exec -it btk \
              ./blobtools2/blobtools view \
              --host http://localhost:8080 \
              --out output \
              --view snail \
              YOUR_DATASET_ID
  

从其他容器访问查看器

对于更复杂的托管场景，可使用.env文件（如本仓库conf目录中的文件）向查看器传递其他参数。例如，从同一docker网络上的另一个容器访问：

1. 创建网络：

bash
docker network create btk-net

2. 使用自定义配置启动容器（重要：确保.env中的主机名与本示例中的容器名匹配）：

bash
docker run -d --rm --name btk-viewer --network btk-net \
           -v /path/to/datasets:/blobtoolkit/datasets \
           -v /path/to/conf:/blobtoolkit/conf \
           -e VIEWER=true \
           docker.xuanyuan.run/genomehubs/blobtoolkit:latest

3. 启动另一个容器生成图表：

bash
docker run -it --rm --name btk-blobtools --network btk-net \
            -v /path/to/conf:/blobtoolkit/conf \
            -v /path/to/output:/blobtoolkit/output \
            genomehubs/blobtoolkit:latest \
            ./blobtools2/blobtools view \
            --host [***] \
            --out conf \
            --param plotShape=kite \
            YOUR_DATASET_ID