genomenexus/genome-nexus-vep
genomenexus
Genome Nexus VEP是围绕Ensembl的Variant Effect Predictor (VEP) CLI工具的REST包装器，需连接Ensembl提供的homo_sapiens_core数据库并配置MySQL环境变量（MYSQL_USER、MYSQL_PASSWORD等），通过8080端口提供服务；标签遵循{VEP_VERSION}-{GENOME_NEXUS_VEP_VERSION}规则，slim版不支持PolyPhen、SIFT预测及AlphaMissense评分。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：genomenexus仓库类型：镜像最近更新：1 年前
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Genome Nexus VEP Docker镜像文档
镜像概述
Genome Nexus VEP是围绕Ensembl的Variant Effect Predictor (VEP) CLI工具构建的REST包装器，提供REST接口以便外部应用访问VEP的变异效应预测功能。
标签命名规则
镜像标签遵循以下格式：{VEP_VERSION}-{GENOME_NEXUS_VEP_VERSION}。部分标签可能标记为slim，表示这些版本不支持PolyPhen预测、SIFT预测及AlphaMissense致病性评分。如需使用这些数据，请下载基础版本镜像。
核心功能与特性
- 作为VEP CLI工具的REST包装器，提供便捷的API访问方式
- 依赖Ensembl提供的homo_sapiens_core数据库进行变异效应预测
- 通过环境变量灵活配置数据库连接参数，适配不同部署环境
- 容器内服务运行在8080端口，支持端口映射以允许外部访问
使用场景
适用于需要通过REST接口调用VEP变异效应预测功能的场景，如基因组学研究、临床基因组数据分析、生物信息学工具集成等。
使用方法与配置说明
运行前准备
- 数据库依赖：必须连接Ensembl提供的homo_sapiens_core数据库。关于数据库搭建的详细信息，请参考Genome Nexus VEP https://github.com/genome-nexus/genome-nexus-vep%E3%80%82
- 环境变量配置：需提供数据库连接相关的环境变量（见下文“环境变量说明”）。
端口暴露
应用运行在容器的8080端口，需通过-p参数映射该端口至宿主机，以允许外部应用访问。
Docker运行示例
使用以下命令启动容器，替换环境变量值为实际数据库连接信息：
bashdocker run -d \ -p 8080:8080 \ -e MYSQL_USER=your_username \ -e MYSQL_PASSWORD=your_password \ -e MYSQL_HOST=db_host \ -e MYSQL_PORT=db_port \ docker.xuanyuan.run/genome-nexus/genome-nexus-vep:{VEP_VERSION}-{GENOME_NEXUS_VEP_VERSION}
环境变量说明
必须提供以下环境变量以配置VEP的数据库连接：
MYSQL_USER: 数据库用户名MYSQL_PASSWORD: 数据库密码MYSQL_HOST: 数据库主机地址MYSQL_PORT: 数据库端口号
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 genome-nexus-vep 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/genomenexus/genome-nexus-vep:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull genomenexus/genome-nexus-vep:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
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"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"