genomicpariscentre/guppy-gpu

镜像概述

该仓库包含用于构建Genomic Paris Centre所使用Docker镜像的Dockerfile，主要用于运行Oxford Nanopore Technologies的Guppy碱基识别软件，并支持GPU模式以提升处理性能。

核心功能和特性

• 基于Dockerfile构建，确保环境一致性与可重复性
• 集成Oxford Nanopore Technologies的Guppy碱基识别软件
• 支持GPU加速模式，提高碱基识别效率
• 适用于Genomic Paris Centre的基因组学研究场景

使用场景和适用范围

适用于采用Oxford Nanopore测序技术的基因组学研究，特别适合需要高效碱基识别（basecalling）的实验分析，可部署在具备GPU支持的计算环境中。

使用方法和配置说明

构建镜像

使用仓库中的Dockerfile构建镜像：

bash
docker build -t gpc-guppy-gpu .

运行容器

在GPU环境下运行容器（需确保Docker已配置GPU支持）：

bash
docker run --gpus all -v /path/to/input:/input -v /path/to/output:/output gpc-guppy-gpu guppy_basecaller -i /input -s /output [其他参数]

注：具体运行参数需参考Guppy软件官方文档，根据测序数据类型和分析需求进行配置。