getwilds/awscli

getwilds

这是一个包含AWS CLI和samtools的Docker镜像，用于访问公共云数据集（如GATK测试数据、参考基因组等），支持多架构和多种认证方式，适用于生物信息学工作流。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：getwilds仓库类型：镜像最近更新：11 个月前

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镜像标签列表与下载命令

awscli镜像

镜像概述

该Docker镜像基于Ubuntu Noble（24.04 LTS）构建，提供AWS CLI工具及相关组件，用于访问亚马逊云服务（AWS）的公共云数据集，同时集成samtools支持BAM/SAM文件处理，适用于生物信息学工作流。

可用版本

latest（https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/awscli/Dockerfile_latest | https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/awscli/CVEs_latest.md）
2.27.49（https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/awscli/Dockerfile_2.27.49 | https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/awscli/CVEs_2.27.49.md）

核心功能

包含AWS CLI v2.27.49或最新版本，用于AWS服务的命令行操作；
集成AWS Signing Helper v1.2.0（仅amd64架构），支持证书认证访问私有AWS资源；
内置samtools v1.19.2，用于BAM/SAM文件的操作和过滤；
支持linux/amd64和linux/arm64（Apple Silicon）架构；
提供多种认证方式：无认证（公共数据访问）、证书认证（IAM Roles Anywhere）、传统IAM凭证（不推荐）。

使用场景

下载公共生物信息学数据集（如GATK测试数据、参考基因组、ENCODE数据等）；
BAM文件的下载、过滤、统计等处理；
安全访问私有AWS资源（通过证书认证）。

部署示例

Docker拉取镜像

bash
docker pull docker.xuanyuan.run/getwilds/awscli:latest
# 或指定版本
docker pull docker.xuanyuan.run/getwilds/awscli:2.27.49
# 从GitHub容器 registry拉取
docker pull ***-ghcr.xuanyuan.run/getwilds/awscli:latest

Singularity/Apptainer拉取镜像

bash
apptainer pull docker://getwilds/awscli:latest
# 或指定版本
apptainer pull docker://getwilds/awscli:2.27.49
# 从GitHub容器 registry拉取
apptainer pull docker://ghcr.io/getwilds/awscli:latest

常用命令示例

公共数据访问（无需认证）

bash
# 同步GATK测试数据到本地
docker run --rm -v /本地路径/data:/data docker.xuanyuan.run/getwilds/awscli:latest \
  aws s3 sync --no-sign-request s3://gatk-test-data/wgs_bam/NA12878_20k_b37/ /data/
# 列出公共S3桶内容
docker run --rm docker.xuanyuan.run/getwilds/awscli:latest \
  aws s3 ls --no-sign-request s3://gatk-test-data/

证书认证访问私有资源

bash
docker run --rm \
  -v /本地证书路径:/certs:ro \
  -v /本地数据路径:/data \
  -e AWS_PROFILE=roles-anywhere \
  docker.xuanyuan.run/getwilds/awscli:latest \
  aws s3 ls s3://私有桶名/

BAM文件处理

bash
# 下载BAM文件并过滤到1号染色体
docker run --rm -v $(pwd):/data docker.xuanyuan.run/getwilds/awscli:latest bash -c "
  aws s3 cp --no-sign-request s3://gatk-test-data/wgs_bam/NA12878_20k_b37/NA12878.bam /data/ &&
  samtools view -b /data/NA12878.bam chr1 > /data/NA12878_chr1.bam &&
  samtools index /data/NA12878_chr1.bam
"

配置说明

公共数据访问（推荐）

直接使用--no-sign-request参数访问公共S3桶，无需配置凭证：

bash
aws s3 [命令] --no-sign-request s3://公共桶路径/

证书认证配置

在AWS账户中设置IAM Roles Anywhere；
创建信任锚和配置文件；
配置AWS CLI使用签名助手：

ini
# ~/.aws/config
[profile roles-anywhere]
credential_process = aws_signing_helper credential-process \
  --certificate /certs/client.crt \
  --private-key /certs/client.key \
  --trust-anchor-arn arn:aws:rolesanywhere:区域:账户ID:trust-anchor/锚ID \
  --profile-arn arn:aws:rolesanywhere:区域:账户ID:profile/配置文件ID \
  --role-arn arn:aws:iam::账户ID:role/角色名

运行容器时挂载证书和配置文件。

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 awscli 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/getwilds/awscli:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull getwilds/awscli:<标签>

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