getwilds/r-utils
getwilds
这是一个基于Rocker/tidyverse的通用R工具镜像，包含常用数据科学包（如tidyverse、optparse、lubridate），适用于WILDS WDL模块的数据分析工作流。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：getwilds仓库类型：镜像最近更新：6 个月前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明 · 点击收起说明
如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。
只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：
请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：
https://xuanyuan.cloud/agents.md
在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
r-utils
本目录包含r-utils的Docker镜像，这是一个基于Rocker/tidyverse构建的通用R环境，附加了常用的CRAN包。
可用版本
latest（https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/r-utils/Dockerfile_latest | https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/r-utils/CVEs_latest.md）0.1.0（https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/r-utils/Dockerfile_0.1.0 | https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/blob/main/r-utils/CVEs_0.1.0.md）
镜像详情
这些Docker镜像基于Rocker/tidyverse:4基础镜像构建，包含以下内容：
- Tidyverse R包：一系列用于数据科学和分析的R包
- optparse：用于R脚本中的命令行参数解析
- lubridate：用于日期时间处理
该镜像旨在提供通用R环境，适用于需要tidyverse及常见工具包的WILDS WDL模块。
使用方法
Docker
bashdocker pull docker.xuanyuan.run/getwilds/r-utils:latest # 或 docker pull docker.xuanyuan.run/getwilds/r-utils:0.1.0 # 也可从GitHub容器 registry拉取 docker pull ***-ghcr.xuanyuan.run/getwilds/r-utils:latest
Singularity/Apptainer
bashapptainer pull docker://getwilds/r-utils:latest # 或 apptainer pull docker://getwilds/r-utils:0.1.0 # 也可从GitHub容器 registry拉取 apptainer pull docker://ghcr.io/getwilds/r-utils:latest
示例命令
bash# 使用Docker运行R脚本 docker run --rm -v /path/to/data:/data docker.xuanyuan.run/getwilds/r-utils:latest \ Rscript /data/analysis.R --input /data/input.csv --output /data/results.csv # 使用Apptainer运行R脚本 apptainer run --bind /path/to/data:/data docker://getwilds/r-utils:latest \ Rscript /data/analysis.R --input /data/input.csv --output /data/results.csv # Apptainer（本地SIF文件） apptainer run --bind /path/to/data:/data r-utils_latest.sif \ Rscript /data/analysis.R --input /data/input.csv --output /data/results.csv
安全扫描与CVE
这些镜像定期使用Docker Scout进行漏洞扫描。但由于生物信息学软件及其依赖的特性，部分镜像可能包含已知漏洞（CVE）。
风险自负：尽管我们努力减少安全问题，这些镜像主要设计用于受控环境中的研究和分析工作流。
关于该镜像的最新安全信息，请查看https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/tree/main/r-utils中的`CVEs_*.md`文件，这些文件通过GitHub Actions工作流自动更新。如果特定漏洞令人担忧，请在GitHub仓库中提交https://github.com/getwilds/wilds-docker-library/issues，注明您希望解决的CVE。
Dockerfile结构
Dockerfile遵循以下主要步骤：
- 使用Rocker/tidyverse:4作为基础镜像，提供R 4.x及tidyverse包
- 添加文档和归属的元数据标签
- 设置R库路径以避免Apptainer中的主机污染
- 安装额外的R包（optparse、lubridate）
- 设置数据分析的工作目录
- 运行冒烟测试以验证包安装
源码仓库
这些Dockerfile维护在https://github.com/getwilds/wilds-docker-library仓库中。
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull getwilds/r-utils:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"