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pgdspider

gfanz/pgdspider

gfanz

这是一款自动化数据转换工具,用于连接群体遗传学与基因组学程序,实现不同格式数据的转换,助力科研人员高效处理遗传数据。

下载次数: 0状态:社区镜像维护者:gfanz仓库类型:镜像最近更新:5 年前
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pgdspider镜像说明

镜像概述

pgdspider是一款专注于群体遗传学与基因组学领域的自动化数据转换工具,旨在解决不同分析程序间的数据格式兼容问题。本镜像版本为2.1.1.5,遵循BSD-3-Clause开源许可证,支持科研场景下的高效数据处理需求。

核心功能

  • 自动化完成多种遗传数据格式的互转
  • 连接群体遗传学与基因组学相关分析程序
  • 简化跨工具数据迁移的流程

使用场景

  • 群体遗传学研究中的数据格式转换需求
  • 基因组学分析前的数据预处理环节
  • 跨平台工具间的数据对接场景

配置说明

  1. 详细配置参数请参考官方手册:PGDSpider 2.1.1.5手册
  2. GFANZ Docker容器通用使用指南:https://gitlab.com/gfanz/genomics-tools/-/wikis/Using-GFANZ-Genomics-Tools

部署示例

Docker Run命令

bash
docker run --rm -v /本地数据路径:/data gfanz/pgdspider [运行参数]

(注:替换/本地数据路径为实际本地目录,[运行参数]需根据具体转换需求参考官方文档设置)

引用说明

若使用本工具发表研究成果,请引用:
https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr642

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本,请访问 标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 pgdspider 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/gfanz/pgdspider:<标签>

使用方法:

  • 登录认证方式
  • 免认证方式

DockerHub 原生拉取命令

docker pull gfanz/pgdspider:<标签>

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