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pVACtools Docker镜像文档

镜像概述和主要用途

pVACtools Docker镜像是pVACtools软件包的容器化版本，pVACtools是一套癌症免疫治疗工具集，旨在为癌症免疫治疗研究提供便捷的分析工具。该Docker镜像简化了pVACtools的部署流程，用户无需手动配置复杂的依赖环境，即可快速使用其功能。

许可证协议

pVACtools许可证

pVACtools基于BSD 3-Clause Clear License授权。

版权所有 (c) 2018-2023 圣路易斯华盛顿大学 保留所有权利。

在遵守以下免责声明限制的前提下，允许以源代码和二进制形式再分发和使用（无论是否修改），前提是满足以下条件：

• 源代码的再分发必须保留上述版权声明、本条件列表以及以下免责声明。
• 二进制形式的再分发必须在随分发提供的文档和/或其他材料中复制上述版权声明、本条件列表以及以下免责声明。
• 未经特定书面许可，不得使用华盛顿大学的名称或其贡献者的名称来认可或推广从本软件衍生的产品。

本许可证未授予任何方对专利权的明示或暗示许可。本软件由版权持有人和贡献者按"原样"提供，对任何明示或暗示的保证（包括但不限于适销性和特定用途适用性的暗示保证）不承担责任。在任何情况下，版权持有人或贡献者均不对任何直接、间接、偶然、特殊、 EXEMPLARY 或后果性损害（包括但不限于替代商品或服务的采购；使用、数据或利润损失；或业务中断）承担责任，无论因何种原因以及基于何种责任理论（无论是合同、严格责任还是侵权（包括疏忽或其他方式））而产生，即使已被告知此类损害的可能性。

IEDB许可证

使用IEDB软件即表示您同意受非盈利开放软件许可证（"Non-Profit OSL"）3.0版的条款和条件约束，并成为IEDB工具的"被许可人"。

请在继续前此处阅读这两个许可协议。如果您不同意这两个协议的所有条款，则不得安装或使用本产品。有兴趣下载IEDB工具的命令行版本或在本地运行整个分析资源的公司（营利性实体），应联系我们（***）了解许可选项的详细信息。

引用IEDB

所有使用IEDB资源分析工具生成的数据的出版物或演示，均应包含相关参考文献的引用，详见此处。

pVACtools使用的其他工具许可证

pVACtools使用多种https://pvactools.readthedocs.io/en/latest/tools.html#tools%EF%BC%8C%E6%AF%8F%E7%A7%8D%E5%B7%A5%E5%85%B7%E9%83%BD%E6%9C%89%E5%85%B6%E8%87%AA%E8%BA%AB%E7%9A%84%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E9%99%90%E5%88%B6%E3%80%82%E9%80%9A%E8%BF%87%E4%BD%BF%E7%94%A8pVACtools%EF%BC%88%E6%97%A0%E8%AE%BA%E6%98%AF%E7%8B%AC%E7%AB%8B%E4%BD%BF%E7%94%A8%E8%BF%98%E6%98%AF%E9%80%9A%E8%BF%87%E5%85%B6Docker%E9%95%9C%E5%83%8F%EF%BC%89%EF%BC%8C%E7%94%A8%E6%88%B7%E9%BB%98%E7%A4%BA%E6%8E%A5%E5%8F%97%E6%89%80%E4%BD%BF%E7%94%A8%E7%9A%84%E5%9F%BA%E7%A1%80%E5%B7%A5%E5%85%B7%E7%9A%84%E8%AE%B8%E5%8F%AF%E6%9D%A1%E6%AC%BE%E3%80%82

使用场景和适用范围

本Docker镜像适用于癌症免疫治疗领域的研究人员，可用于新抗原预测、MHC分子结合亲和力分析、免疫原性评估等相关研究。主要适用于学术机构、非营利组织等非商业场景；商业用途需联系相关方获取许可。

使用方法和配置说明

基本使用流程

1. 拉取镜像：从Docker仓库拉取pVACtools镜像（具体命令需参考官方镜像仓库说明）。
2. 运行容器：通过docker run命令启动容器，根据分析需求挂载数据目录并指定相应工具命令。
3. 执行分析：在容器内运行pVACtools工具命令，完成所需分析任务。

详细的工具命令、参数配置及高级用法，请参考https://pvactools.readthedocs.io/%E3%80%82