henriqueslab/dl4miceverywhere

DL4MicEverywhere Docker镜像

本仓库包含DL4MicEverywhere项目的Docker镜像，用于在本地或远程基础设施上运行深度学习Jupyter笔记本。

关于DL4MicEverywhere

DL4MicEverywhere提供了一种简单的方式，通过交互式Jupyter笔记本将深度学习技术应用于显微镜图像分析。它将ZeroCostDL4Mic项目的多种深度学习工作流封装到Docker容器中，以增强可移植性和可复现性。

核心功能

• 包含15+个Jupyter笔记本，覆盖分割、重建、配准等显微镜图像分析任务
• 每个笔记本对应独立Docker容器，内置所有运行依赖
• 支持本地或远程Docker环境使用
• 提供GUI界面用于选择和启动目标笔记本
• 通过GitHub Actions实现自动化构建与测试流程

Docker镜像说明

每个笔记本的Dockerfile配置为安装运行所需的所有软件依赖。镜像按笔记本名称打标签，支持CPU和GPU版本：

CPU镜像

基于ubuntu:xx.xx基础镜像，示例标签：

• henriqueslab/dl4miceverywhere:unet2d-v0.1
• henriqueslab/dl4miceverywhere:stardist3d-v0.2

GPU镜像

基于nvidia/cuda:xx.x-base-ubuntuyy.yy基础镜像，标签后缀为-gpu，示例：

• henriqueslab/dl4miceverywhere:unet3d-gpu-v0.1

版本管理

笔记本的主要版本会在Docker Hub打标签，同时提供latest标签以获取最新版本。

使用指南

DL4MicEverywhere仓库包含使用Docker镜像启动笔记本的说明，关键步骤：

1. 克隆仓库：git clone https://github.com/HenriquesLab/DL4MicEverywhere.git
2. 运行启动脚本：sudo bash launch.sh（通过GUI选择笔记本并启动容器）
3. 挂载本地数据与输出文件夹（脚本中可配置路径）
4. 通过Jupyter界面访问笔记本（默认端口8888）

Docker运行示例（CPU版本）

bash
docker run -d -p 8888:8888 \
  -v /本地数据目录:/data \
  -v /本地输出目录:/output \
  docker.xuanyuan.run/henriqueslab/dl4miceverywhere:unet2d-v0.1

启动后，访问http://localhost:8888，输入容器日志中的Jupyter token即可使用。

详细使用指南请参考https://github.com/HenriquesLab/DL4MicEverywhere/wiki，如有问题请反馈！