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Sierra-HIV是一个开源的HIV基因耐药性解释程序，基于GPL-3.0许可证发布，支持通过Docker快速部署，提供Web服务接口用于HIV基因耐药性分析与解读。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：hivdb仓库类型：镜像最近更新：1 个月前
Sierra Project - HIVDB基因耐药性解释程序
Sierra-HIV是一个开源软件，基于GPL-3.0许可证发布。访问我们的GitHub仓库：https://github.com/hivdb/sierra
https://github.com/hivdb/sierra/actions/workflows/gradle.yml/badge.svg](https://github.com/hivdb/sierra/actions/workflows/gradle.yml) https://github.com/hivdb/sierra/actions/workflows/codeql-analysis.yml/badge.svg](https://github.com/hivdb/sierra/actions/workflows/codeql-analysis.yml)
镜像概述和主要用途
Sierra-HIV是由斯坦福HIVDB团队开发的基因耐药性解释程序，主要用于HIV基因序列的耐药性分析。该软件提供标准化的耐药性解读功能，支持通过Web服务接口（GraphQL）进行集成和调用，适用于科研机构、临床实验室等场景的HIV耐药性监测与研究。
核心功能和特性
- 开源免费：基于GPL-3.0许可证，源代码完全开放
- Docker化部署：支持通过Docker快速部署生产环境，简化安装流程
- Web服务接口：提供GraphQL接口，便于与其他系统集成
- 基因耐药性分析：基于HIVDB算法进行耐药性解读
- 自动化依赖管理：通过Gradle自动管理项目依赖
使用场景和适用范围
- HIV临床耐药性检测与报告生成
- 艾滋病研究中的耐药性数据分析
- 公共卫生领域的HIV耐药性监测
- 与实验室信息系统（LIS）集成，实现自动化耐药性分析流程
系统要求
开发环境要求
- JDK 17（已测试Oracle Java和OpenJDK）
- PostAlign比对程序：由斯坦福HIVDB团队开发的密码子感知比对程序，可从https://github.com/hivdb/post-align获取源代码和二进制文件
- Docker
运行序列比对需配置系统环境变量：
POSTALIGN_PROGRAM：PostAlign命令的路径
部署生产服务器仅需Docker环境
依赖项列表
各子项目的完整依赖列表可在对应目录下的build.gradle文件中查看。主要依赖项包括：
- Apache Commons Lang
- Apache Commons Math
- Apache Commons IO
- Apache Log4j
- https://github.com/google/guava
- https://github.com/google/gson
- https://github.com/poetix/protonpack
- https://github.com/graphql-java/graphql-java
- MySQL Connector/J（仅开发环境）
- c3p0（仅开发环境）
- junit（仅开发环境）
注：这些依赖项由项目自带的Gradle自动安装，无需手动配置。
使用方法和配置说明
通过Docker启动Sierra
自2.2.6版本起，Sierra提供公开Docker镜像。拉取并启动Sierra实例（生产环境部署方式）：
bashdocker pull hivdb/sierra:latest docker run -it --publish=8111:8080 hivdb/sierra dev
启动后，本地Sierra Web服务可通过以下URL访问：
- Sierra 3.2及以上版本：
http://localhost:8111/sierra/rest/graphql - Sierra 3.2之前版本：
http://localhost:8111/WebApplications/rest/graphql
使用Eclipse IDE进行开发
Sierra使用Gradle管理依赖、构建和测试。通过Eclipse安装项目的步骤：
- 使用Git将仓库克隆到本地路径
- 在Eclipse中，点击"文件" > "导入..."，展开"Gradle"组，选择"Gradle项目"，点击"下一步"
- Eclipse可能会显示欢迎对话框，之后在"项目根目录"中输入步骤1中的本地路径，点击"下一步"
- 保持所有默认配置，点击"完成"即可完成安装
若在步骤2中找不到"Gradle项目"，可通过"帮助" > "Eclipse Marketplace..."安装最新的"Buildship Gradle Integration"插件。
启动开发服务器
bashmake dev
***
如果您认为Sierra对您的工作有帮助并希望向HIVDB团队***，可通过斯坦福***表单进行。您的支持将不胜感激。
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull hivdb/sierra-dp:<标签>
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oldzhang
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