iarcbioinfo/abra-nf

abra-nf 镜像说明

镜像概述

abra-nf镜像是一个基于Nextflow的流程实现，封装了ABRA2（Assembly Based ReAligner）工具，用于对下一代测序数据的BAM文件进行本地化组装重新对齐。该流程支持两种处理模式：肿瘤-正常配对样本联合重新对齐，以及单样本（仅正常或仅肿瘤）独立处理。

核心功能

1. 双模式支持：可处理肿瘤-正常配对样本（联合重新对齐）或单样本（独立重新对齐）；
2. 自动文件识别：自动识别BAM文件及其对应的BAI索引文件；
3. 灵活参数配置：支持自定义内存、CPU资源、输出路径，以及RNA特定参数、STAR junction使用等；
4. 多环境兼容：支持Docker、Singularity容器化运行，或通过Conda环境部署。

使用场景

• 肿瘤基因组学研究中，肿瘤-正常配对样本的测序数据重新对齐；
• 正常样本测序数据的独立重新对齐处理；
• 需要本地化组装重新对齐的下一代测序数据分析场景。

配置说明

输入

肿瘤-正常配对模式

单样本模式

参数

必选参数

可选参数

标志参数（无值）

部署示例

普通运行

bash
nextflow run iarcbioinfo/abra-nf --bam_folder BAM/ --bed target.bed --ref ref.fasta --abra_path /path/to/abra.jar

Docker容器运行

bash
nextflow run iarcbioinfo/abra-nf -profile docker --bam_folder BAM/ --bed target.bed --ref ref.fasta

Singularity容器运行

bash
nextflow run iarcbioinfo/abra-nf -profile singularity --bam_folder BAM/ --bed target.bed --ref ref.fasta

输出

贡献者

FAQ

部分样本崩溃导致流程停止怎么办？

ABRA内存使用波动较大，部分样本可能因内存不足崩溃（退出码130）。建议在nextflow.config中设置错误策略：

process.errorStrategy = 'ignore'

或自动重试（增加内存）：

process {
    $abra {
        memory = { task.exitStatus == 130 ? 8.GB * task.attempt : 8.GB }
        errorStrategy = { task.exitStatus == 130 ? 'retry' : 'ignore' }
        maxRetries = 4
    }
}

这样可避免单个样本崩溃影响整个流程，并重试内存不足的样本。