icebert/ucsc_genome_browser

UCSC基因组浏览器Docker镜像

一个轻量的UCSC基因组浏览器镜像，用于搭建本地或镜像站点。UCSC基因组浏览器官方地址：http://genome.ucsc.edu/

许可证

本镜像为UCSC基因组浏览器源代码的Docker化版本，许可证与UCSC基因组浏览器一致。源代码和可执行文件可免费用于学术、非盈利及个人用途；商业用途需购买许可证并支付安装费和年费，详情见：[***]

下载

shell
docker pull icebert/ucsc_genome_browser

docker pull icebert/ucsc_genome_browser_db

演示运行

shell
docker run -d --name gbdb -p 3338:3306 icebert/ucsc_genome_browser_db

docker run -d --link gbdb:gbdb -p 8038:80 icebert/ucsc_genome_browser

本地数据运行

镜像本身不包含数据，需下载感兴趣物种的数据。假设本地数据存储路径为 /my/data/path/gbdb（轨道数据）和 /my/data/path/database（数据库文件）：

1. 从数据库镜像复制基础文件到本地：

shell
docker run -d --name gbdb -p 3338:3306 icebert/ucsc_genome_browser_db

cd /my/data/path/database && docker cp gbdb:/data ./ && mv data/* ./ && rm -rf data

docker stop gbdb

2. 从UCSC同步物种数据库文件（以hg38为例，替换为mm10可同步小鼠数据）：

shell
rm -rf /my/data/path/database/hg38

rsync -avP --delete --max-delete=20 rsync://hgdownload.soe.ucsc.edu/mysql/hg38 /my/data/path/database/

3. 从UCSC同步基础数据文件：

shell
mkdir /my/data/path/gbdb/visiGene

rsync -avzP --delete --max-delete=20 rsync://hgdownload.cse.ucsc.edu/gbdb/hg38 /my/data/path/gbdb/

4. 启动数据库和浏览器服务：

shell
docker run -d --name gbdb -p 3338:3306 -v /my/data/path/database:/data icebert/ucsc_genome_browser_db

docker run -d --link gbdb:gbdb -p 8038:80 -v /my/data/path/gbdb:/gbdb icebert/ucsc_genome_browser

浏览器可通过8038端口访问。

MySQL访问

MySQL服务监听3338端口，默认用户名为admin，密码为admin：

shell
mysql -h 127.0.0.1 -P 3338 -u admin -p

添加轨道

添加自定义轨道可参考以下步骤（详细说明见相关文章和https://genome.ucsc.edu/goldenpath/help/mirrorManual.html#adding-your-own-track-groups-to-the-browser%EF%BC%89%EF%BC%9A

1. 在grp表中添加新轨道组（可选）；
2. 使用~/bin/x86_64/hgTrackDb工具，以trackDb.ra文件为输入添加轨道描述；
3. 根据轨道类型使用对应加载程序（如hgLoadBed加载Bed文件，hgBbiDbLink加载BigWig文件）。