imegusu/jupyter_singlecell

镜像概述

本镜像基于jupyter/scipy-notebook构建，专注于单细胞与空间数据分析场景，包含Python 3.12、Julia 1.10.11及一系列主流分析库，支持本地PC和远程服务器部署，方便用户快速开展数据分析工作。

核心功能

• Python库：numpy、pandas、anndata、loompy、Scanpy、scVelo、CellRank、Velocyto、Squidpy、cellbender、Dynamo、scvi-tools、Scrublet、harmonypy、cellxgene、spVelo
• Julia库：ddHodge

使用场景

1. 本地PC进行单细胞数据探索与分析
2. 远程服务器部署以利用更高计算资源
3. 通过cellxgene实现单细胞数据可视化展示

配置说明

本地PC部署示例

启动Jupyter Lab

bash
docker run -it --rm -p 8888:8888 -p 5005:5005 -e JUPYTER_TOKEN=xxxx -v /path/to/myPATH:/home/jovyan/work docker.xuanyuan.run/imegusu/jupyter_singlecell:tagname

打开浏览器并粘贴以下URL：
http://localhost:8888/lab?token=xxxx

启动Jupyter Notebook（旧版本）

bash
docker run -it --rm -p 8888:8888 -p 5005:5005 -e JUPYTER_TOKEN=xxxx -v /path/to/myPATH:/home/jovyan/work docker.xuanyuan.run/imegusu/jupyter_singlecell:tagname start-notebook.py --ServerApp.default_url=/tree

打开浏览器并粘贴以下URL：
http://localhost:8888/tree?token=xxxx

启动cellxgene（需xxxx.h5ad格式的AnnData对象）

bash
docker run -it --rm -p 5005:5005 -v /path/to/myPATH:/home/jovyan/work docker.xuanyuan.run/imegusu/jupyter_singlecell:tagname cellxgene launch /home/jovyan/work/xxxx.h5ad --host 0.0.0.0 --port 5005

打开浏览器并粘贴以下URL：
http://localhost:5005

远程服务器部署示例

启动Jupyter Lab

bash
docker run -it --rm -p ${port1}:8888 -p ${port2}:5005 -e JUPYTER_TOKEN=xxxx --user ${USERID} --group-add docker.xuanyuan.run/users -v /path/to/myPATH:/home/jovyan/work imegusu/jupyter_singlecell:tagname

打开浏览器并粘贴以下URL：
[***]{Server_IP}:${port1}/lab?token=xxxx