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Immcantation是一个用于B细胞受体(BCR)和T细胞受体(TCR)库高通量测序(AIRR-seq)数据分析的完整框架，提供从原始读取到数据分析的预处理、群体结构确定和库分析工具，适用于BCR和TCR研究。
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Immcantation
高通量测序技术的进步现在允许大规模表征B细胞受体(BCR)和T细胞受体(TCR)库。适应性免疫受体库(AIRR)的高胚系和体细胞多样性为生物学意义的分析带来了挑战，需要开发专门的计算方法。
Immcantation框架为高通量AIRR-seq数据集提供了从开始到结束的完整分析生态系统。尽管Immcantation主要关注BCR，但方法也适用于TCR。从原始读取开始，提供了Python和R包用于预处理、群体结构确定和库分析。
代码仓库
重要提示！
Immcantation已迁移至 [***]
要更新Git配置设置，请使用：
git config user.email "***" git config user.name "your-gh-user-name" git remote set-url origin ***:immcantation/immcantation.git
此仓库包含Immcantation框架中工具的通用文档、辅助脚本、示例流程和Docker构建文件。
| 文件夹 | 内容描述 |
|---|---|
| docker | 用于Docker Hub上托管镜像的Dockerfile。 |
| docs | 用于ReadTheDocs上托管文档的Sphinx构建文件。 |
| pipelines | Docker镜像的示例流程脚本。 |
| protocols | 已发表实验方案的引物序列和扩增子设计。 |
| scripts | 用于IMGT、IgBLAST和VDJTools的辅助脚本。 |
Docker容器
我们提供了包含Immcantation框架、其依赖项、辅助脚本和IgBLAST的完整安装的Docker镜像。该镜像还包括IgBLAST和IMGT参考胚系集，以及多个示例流程脚本。镜像可在Docker Hub上获取：immcantation/suite
镜像通过标签进行版本控制，包含官方发布的镜像用元版本号表示（例如，1.0.0）。devel标签表示最新的开发（不稳定）构建。latest标签不可用。可使用命令docker pull immcantation/suite:<tag>获取镜像。
文档
有关Immcantation框架工具的完整使用文档、API文档和多个教程，请参见Immcantation Portal。
常见问题
轩辕镜像免费版与专业版有什么区别？
免费版仅支持 Docker Hub 加速，不承诺可用性和速度；专业版支持更多镜像源，保证可用性和稳定速度，提供优先客服响应。
轩辕镜像免费版与专业版有分别支持哪些镜像？
免费版仅支持 docker.io；专业版支持 docker.io、gcr.io、ghcr.io、registry.k8s.io、nvcr.io、quay.io、mcr.microsoft.com、docker.elastic.co 等。
流量耗尽错误提示
当返回 402 Payment Required 错误时，表示流量已耗尽，需要充值流量包以恢复服务。
410 错误问题
通常由 Docker 版本过低导致，需要升级到 20.x 或更高版本以支持 V2 协议。
manifest unknown 错误
先检查 Docker 版本，版本过低则升级；版本正常则验证镜像信息是否正确。
镜像拉取成功后，如何去掉轩辕镜像域名前缀？
使用 docker tag 命令为镜像打上新标签，去掉域名前缀，使镜像名称更简洁。
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