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transanno是一款精准的VCF/GFF3/GTF LiftOver工具，支持从minimap2结果创建链文件，在新基因组组装版本间转换数据坐标，并能生成对比用的VCF和BED文件。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：informationsea仓库类型：镜像最近更新：2 年前
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transanno
https://github.com/informationsea/transanno/actions/workflows/rust.yml/badge.svg](https://github.com/informationsea/transanno/actions/workflows/rust.yml) https://img.shields.io/github/license/informationsea/transanno](https://www.gnu.org/licenses/gpl-3.0.html) https://img.shields.io/github/languages/code-size/informationsea/transanno](https://github.com/informationsea/transanno)
transanno是一款用于新基因组组装版本间数据坐标转换的精准LiftOver工具，支持VCF、GFF3/GTF文件的迁移，帮助研究人员高效处理基因组注释数据。
核心功能
- 从minimap2结果生成链文件
- LiftOver转换：
- VCF文件（重排INFO/FORMAT标签、改写GT数据）
- GENCODE/Ensembl格式GFF3/GTF文件
- 从链文件生成VCF和BED文件，用于对比两个基因组组装版本
使用场景
- 基因组版本升级（如GRCh37→GRCh38）时的变异数据迁移
- 不同组装版本间的基因注释转换
- 生成基因组组装差异对比文件（VCF/BED）
配置说明
Docker部署示例
拉取镜像
bashdocker pull informationsea/transanno
创建链文件（从minimap2结果）
bashdocker run --rm -v $(pwd):/data informationsea/transanno transanno minimap2-to-chain /data/PAF_FILE.paf --output /data/CHAINFILE.chain
转换VCF文件
bashdocker run --rm -v $(pwd):/data informationsea/transanno transanno liftvcf -m --chain /data/CHAINFILE.chain -o /data/SUCCEEDED.vcf.gz --query /data/QUERY_FASTA.fa --reference /data/REFERENCE_FASTA.fa --vcf /data/INPUT_VCF.vcf.gz --fail /data/FAILED.vcf.gz
转换GFF3/GTF文件
bashdocker run --rm -v $(pwd):/data informationsea/transanno transanno liftgene /data/GENCODE.gtf.gz --chain /data/CHAINFILE.chain --failed /data/FAILED.gtf.gz --output /data/SUCCEEDED.gtf.gz
生成BED和VCF对比文件
bashdocker run --rm -v $(pwd):/data informationsea/transanno transanno chain-to-bed-vcf /data/CHAINFILE.chain.gz --output-query-bed /data/QUERY_REGION.bed --query /data/QUERY_FASTA.fa --output-query-vcf /data/QUERY_DIFF.vcf.gz --output-reference-bed /data/REFERENCE_REGION.bed --reference /data/REFERENCE_FASTA.fa --output-reference-vcf /data/REFERENCE_DIFF.vcf.gz
注意事项
- VCF/BED输出未排序，导入基因组浏览器前需用bcftools排序并创建索引
- 转换VCF时，保留原始REF/ALT顺序可添加
--noswap参数 - GFF3/GTF转换仅支持GENCODE/Ensembl格式，独立条目转换建议用UCSC liftOver
- 输出文件未用bgzip压缩，需自行处理以添加索引
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 transanno 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/informationsea/transanno:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull informationsea/transanno:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"