interpro/interproscan

InterProScan Docker镜像文档

镜像概述和主要用途

InterPro是整合了多种合作伙伴资源中蛋白质功能预测信息的数据库，提供蛋白质所属家族、结构域和位点的全面概述。InterProScan作为其配套软件包，可集成运行InterPro数据库中的扫描算法，帮助用户对新的核苷酸或蛋白质序列进行功能表征。序列以FASTA格式提交后，程序会计算与所有所需成员数据库签名的匹配，并以多种格式输出结果。

核心功能和特性

• 整合多个数据库的蛋白质功能预测信息
• 支持FASTA格式的核苷酸和蛋白质序列输入
• 对序列进行多数据库签名匹配分析
• 提供多种格式的结果输出
• 可扩展支持Phobius、SignalP、TMHMM等工具（需单独获取许可）

使用场景和适用范围

适用于需要对新发现的核苷酸或蛋白质序列进行功能注释、结构域预测和家族分类的科研人员和生物信息学分析场景。

使用方法和配置说明

获取InterProScan数据

该镜像不包含运行所需数据，需单独下载。对于版本5.77-108.0，数据下载命令：

sh
curl -O http://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.77-108.0/alt/interproscan-data-5.77-108.0.tar.gz

建议验证下载文件完整性：

sh
curl -O http://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.77-108.0/alt/interproscan-data-5.77-108.0.tar.gz.md5
md5sum -c interproscan-data-5.77-108.0.tar.gz.md5

解压数据文件：

sh
tar -pxzf interproscan-data-5.77-108.0.tar.gz

数据将提取至interproscan-5.77-108.0/data目录。

使用示例

下载示例序列

sh
curl -O https://rest.uniprot.org/uniprotkb/A0A086JQP8.fasta

运行InterProScan镜像

sh
docker run \
    --rm \
    -w $PWD \
    -v $PWD:$PWD \
    -v $PWD/interproscan-5.77-108.0/data:/opt/interproscan/data \
    interpro/interproscan:5.77-108.0 \
    --input A0A086JQP8.fasta

Phobius、SignalP、TMHMM支持

这些工具因包含许可组件默认禁用，需从提供商处获取许可和文件：

• Phobius: 下载
• SignalP: 下载
• TMHMM: 下载

许可组件需放置在licensed目录，结构如下：

licensed/
├── phobius
│   ├── decodeanhmm
│   ├── phobius.model
│   ├── phobius.options
│   └── phobius.pl
├── signalp
│   ├── bin
│   ├── lib
│   ├── signalp
│   └── syn
└── tmhmm
    ├── decodeanhmm.Linux_x86_64
    └── TMHMM2.0.model

重要：需编辑licensed/signalp/signalp脚本，修改SignalP路径：

perl
BEGIN {
    $ENV{SIGNALP} = '/opt/interproscan/licensed/signalp';
}

带许可组件运行命令：

sh
docker run \
    --rm \
    -w $PWD \
    -v $PWD:$PWD \
    -v $PWD/interproscan-5.77-108.0/data:/opt/interproscan/data \
    -v $PWD/licensed:/opt/interproscan/licensed \
    interpro/interproscan:5.77-108.0 \
    --input A0A086JQP8.fasta

维护与支持

• 维护者：InterPro团队
• 获取帮助：InterProScan文档、帮助台支持