JADE Docker镜像文档

概述

JADE（JAnelia Data/Execution）是由Janelia研究园区开发的专用工具，主要面向科研环境，提供数据管理与任务执行的一体化解决方案。该工具通过Docker容器化部署，可快速集成到现有科研工作流中，帮助研究人员高效处理数据和自动化执行计算任务。

核心功能与特性

• 数据管理：支持科研数据的存储、检索、版本控制及元数据管理，适配多种科研数据格式
• 任务执行：提供任务调度与资源管理能力，支持并行任务处理和分布式执行
• 工作流集成：支持自定义工作流配置，可与常见科研工具（如Python、R、MATLAB）无缝对接
• 轻量部署：基于Docker容器化设计，简化环境配置，确保跨平台一致性

使用场景与适用范围

• 科研实验室：适用于需要处理大量实验数据、自动化数据分析流程的实验室环境
• 数据密集型研究：支持基因组学、成像分析等数据密集型领域的日常数据处理需求
• 跨团队协作：提供统一的数据访问与任务执行接口，便于多团队共享资源与工作流

使用方法与配置说明

Docker部署

基础运行命令

docker run -d --name jade -p 8080:8080 janelia/jade:latest

Docker Compose配置示例

version: '3'
services:
  jade:
    image: janelia/jade:latest
    container_name: jade-service
    ports:
      - "8080:8080"  # Web管理界面端口
      - "5000:5000"  # API服务端口
    volumes:
      - ./data:/app/data  # 数据持久化目录
      - ./config:/app/config  # 配置文件目录
      - ./workflows:/app/workflows  # 工作流定义目录
    environment:
      - JADE_CONFIG=/app/config/jade.yaml  # 配置文件路径
      - LOG_LEVEL=info  # 日志级别：debug/info/warn/error
      - MAX_PARALLEL_TASKS=4  # 最大并行任务数
    restart: unless-stopped

核心配置参数

常用操作

• 启动服务：docker start jade
• 停止服务：docker stop jade
• 查看日志：docker logs -f jade
• 进入容器：docker exec -it jade /bin/bash

注意事项

• 首次部署需通过./config/jade.yaml配置基础参数（如数据库连接、权限设置）
• 数据目录建议使用宿主机挂载卷，避免容器重启导致数据丢失
• 生产环境中建议配置资源限制（如--memory=4g --cpus=2）以避免资源过度占用

注：完整配置说明及高级功能请参考Janelia官方文档：[***]