jeleedict/snugenomics-cromwell-aws
jeleedict
该镜像集成GATK、BWA、Samtools等生物信息学工具及Snakemake工作流管理、AWSCLI，用于基因组数据分析与云环境部署。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：jeleedict仓库类型：镜像最近更新：6 年前
让 AI 帮你使用轩辕镜像？ · 展开查看说明 · 点击收起说明
如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。
只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：
请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：
https://xuanyuan.cloud/agents.md
在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
镜像概述
该Docker镜像基于broadinstitute/gatk:4.1.3.0构建，集成了GATK、BWA、Samtools等生物信息学核心工具，以及Snakemake工作流管理工具和AWSCLI，适用于基因组数据分析及云环境下的工作流执行。
核心功能
- GATK 4.1.3.0：基因组分析工具集，用于变异检测、基因组注释等
- BWA 0.7.17：短序列比对工具，支持DNA序列与参考基因组的比对
- Samtools 1.9：处理SAM/BAM格式测序数据的工具，包括排序、索引等操作
- Snakemake：生物信息学工作流管理工具，自动化流程执行
- AWSCLI：亚马逊云服务命令行工具，支持云资源管理与数据传输
使用场景
- 基因组测序数据的比对与变异检测
- 生物信息学工作流的自动化构建与执行
- 云环境下（如AWS）的基因组数据分析任务部署
配置说明
镜像基于Conda环境安装各工具，确保依赖兼容性；工具版本明确，便于重现分析结果。
部署示例
Docker Run命令
bashdocker run -it --rm docker.xuanyuan.run/jeleedict/snugenomics-cromwell-aws
Docker Compose示例
yamlversion: '3' services: snugenomics: image: jeleedict/snugenomics-cromwell-aws volumes: - ./local_data:/container_data # 挂载本地数据目录到容器 command: snakemake --cores 4 --directory /container_data
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 snugenomics-cromwell-aws 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/jeleedict/snugenomics-cromwell-aws:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull jeleedict/snugenomics-cromwell-aws:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"