joke/cnp_task_analysis

joke

自动构建

该镜像用于CNP任务数据的神经影像学分析，支持基于BIDS格式数据和fmriprep预处理结果的一级、组级分析，可通过Docker/Singularity容器实现分析流程的可重复性。

下载次数: 0状态：自动构建维护者：joke仓库类型：镜像最近更新：7 年前

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镜像标签列表与下载命令

CNP任务数据分析镜像

镜像概述

本镜像用于CNP任务数据的神经影像学分析，基于公开的ds_000030数据集（来自openfmri.org），通过容器化方式确保分析流程的可重复性，支持Docker与Singularity容器环境。

核心功能

执行CNP任务数据的一级（单被试）和组级神经影像学分析
兼容BIDS格式数据及fmriprep预处理结果
提供HPC集群（SLURM调度）下的批量任务脚本
支持转换为Singularity容器以适配高性能计算场景

使用场景

神经科学研究中CNP任务数据的标准化分析
需要可重复、可移植的影像学数据分析流程的科研场景
HPC集群上的大规模批量数据分析任务

配置说明

数据需遵循BIDS格式且已通过fmriprep完成预处理
所有路径（数据、代码位置）配置在config.sh文件中
依赖环境：Docker或Singularity 2.3+

部署示例

拉取Docker镜像

bash
docker pull docker.xuanyuan.run/joke/cnp_task_analysis

转换为Singularity容器（用于HPC）

bash
docker run -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock -v /local:/output --privileged -t --rm docker.xuanyuan.run/singularityware/docker2singularity joke/cnp_task_analysis:1.0

转换后的Singularity容器将保存到本地/local目录。

文件结构

+-- hpc/                            HPC集群SLURM调度脚本目录
|    +-- 01_prepare.sh              任务文件准备脚本
|    +-- 02_CNP_analysis.sh         一级分析数组任务脚本
|    +-- 03_CNP_2nd_level.sh        组级分析数组任务脚本
|    +-- 04_CNP_2nd_level_ACM.sh    对比度ACM计算脚本
|    +-- write_contrasts.py         对比度信息JSON生成脚本
|    +-- write_tasks.py             任务文件生成脚本
|    +-- write_group_tasks.py       组级任务文件生成脚本
+-- utils/                          工具函数目录
|    +-- utils.py                   一级分析工具函数
+-- CNP_analysis.py                 单被试一级分析程序
+-- CNP_2nd_level.py                单对比度组级分析程序
+-- CNP_2nd_level_ACM.py            对比度ACM生成程序
+-- config.sh                       环境变量配置文件
+-- Dockerfile                      Docker镜像构建文件

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 cnp_task_analysis 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/joke/cnp_task_analysis:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull joke/cnp_task_analysis:<标签>

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