jonchang/tact

TACT - 为完整树添加分类单元（Taxonomy addition for complete trees）


TACT是一款用于系统生物学研究的工具，通过分类学模拟和生死模型向骨干系统发育树添加分类单元，帮助研究人员处理不完全采样的系统发育树，估计多样化速率并解决随机多歧点问题。

核心功能

1. 构建分类树: 使用CSV文件生成包含多歧点和分类等级节点的Newick格式系统发育树（tact_build_taxonomic_tree）。
2. 添加分类单元: 将分类树与骨干系统发育树结合，通过随机多歧点解析算法添加分类单元（tact_add_taxa）。
3. 结果检查: 验证添加分类单元后的结果是否存在问题（tact_check_results）。
4. 多格式输出: 支持Newick、NEXUS等常用系统发育树格式，以及速率估计CSV文件和日志文件。

使用场景

• 系统生物学研究中处理不完全采样的系统发育树。
• 估计生物类群的多样化速率。
• 解决系统发育树中的随机多歧点问题。
• 辅助发表系统生物学相关研究成果（需引用指定文献）。

配置说明与Docker部署示例

前提条件

已安装Docker Desktop（下载地址）。

拉取镜像

bash
docker pull jonchang/tact:latest

运行示例

1. 创建并进入示例目录：

   bash
   mkdir -p examples && cd examples
   

2. 下载示例文件：

   bash
   curl -LO https://raw.githubusercontent.com/jonchang/tact/HEAD/examples/Carangaria.csv
   curl -LO https://raw.githubusercontent.com/jonchang/tact/HEAD/examples/Carangaria.tre
   

3. 构建分类树：

   bash
   docker run -it -v "$(pwd)":/workdir -w /workdir jonchang/tact tact_build_taxonomic_tree Carangaria.csv --output Carangaria.taxonomy.tre
   

4. 向骨干树添加分类单元：

   bash
   docker run -it -v "$(pwd)":/workdir -w /workdir jonchang/tact tact_add_taxa --backbone Carangaria.tre --taxonomy Carangaria.taxonomy.tre --output Carangaria.tacted
   

5. 检查结果：

   bash
   docker run -it -v "$(pwd)":/workdir -w /workdir jonchang/tact tact_check_results Carangaria.tacted.newick.tre --backbone Carangaria.tre --taxonomy Carangaria.taxonomy.tre > checkresults.csv
   

注意事项

• Docker镜像自动使用PyPy3，可显著加速分析（部分macOS环境可能稍慢）。
• 示例文件来自https://github.com/jonchang/tact/tree/HEAD/examples%E3%80%82

引用

使用TACT时，请引用以下文献：

• Chang, J., Rabosky, D. L., & Alfaro, M. E. (2019). Estimating diversification rates on incompletely-sampled phylogenies: theoretical concerns and practical solutions. Systematic Biology. doi:10.1093/sysbio/syz081