jsta/stachelek_soranno_2019

jsta/stachelek_soranno_2019 Docker镜像文档

镜像概述和主要用途

本镜像包含Joseph Stachelek与Patricia A. Soranno发表于《Limnology and Oceanography》的研究论文《Does Freshwater Connectivity Influence Phosphorus Retention in Lakes?》（DOI: 10.1002/lno.***）的完整代码和数据。镜像提供了复现该研究所需的全部系统环境和R依赖，确保研究结果的可重复性，支持论文分析重现、连通性指标计算及预印本生成。

核心功能和特性

• 完整重现环境：包含研究所需的全部系统配置和R环境，确保跨平台一致性
• 预印本生成：支持通过make命令重建论文预印本（manuscript/manuscript.pdf）
• 连通性指标计算：提供测试和全量计算湖泊连通性指标的功能
• 依赖管理：集成多个非CRAN的专业R包，满足水文地理分析需求

使用场景和适用范围

• 科研人员复现原研究结果
• 验证或扩展淡水连通性与湖泊磷保留关系的分析
• 学习水文地理数据分析方法和可重现研究实践
• 教学中展示科研可重复性案例

使用方法和配置说明

前提条件

• 已安装Docker环境
• （可选）如需全量计算连通性指标，需通过LAGOSNEgis包获取LAGOSNE-GIS数据

基础使用：重建预印本和测试连通性指标

1. 拉取镜像

   bash
   docker pull jsta/stachelek_soranno_2019
   

2. 启动容器

   bash
   docker run --rm -e PASSWORD=<自定义密码> jsta/stachelek_soranno_2019
   

3. 获取容器名称

   bash
   docker ps  # 记录容器"code name"
   

4. 进入容器并执行操作

   bash
   docker exec -ti <容器名称> /bin/bash
   cd nes_connectivity_p
   
   # 从预计算的连通性指标构建分析结果
   make -B all
   
   # 测试连通性指标计算
   make test_calc_metrics
   

高级使用：全量重新计算连通性指标

需将LAGOSNE-GIS数据作为Docker卷挂载到容器中：

1. 启动容器（挂载数据卷）

   bash
   docker run -e PASSWORD=<自定义密码> --rm -v ~/.local/share/LAGOS-GIS:/root/.local/share/LAGOS-GIS jsta/stachelek_soranno_2019
   

2. 进入容器并执行操作

   bash
   docker exec -ti <容器名称> /bin/bash
   cd nes_connectivity_p
   
   # 测试单个湖泊的连通性指标计算
   Rscript data/connectivity_metrics.R 7003
   
   # 全量重新计算所有湖泊的连通性指标
   make -B data
   

非CRAN依赖包