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PIA是一款基于质谱的蛋白质推断与鉴定分析工具箱，支持整合多搜索引擎结果、统计分析及可视化等功能，适用于蛋白质组学研究。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：julianusz仓库类型：镜像最近更新：1 年前
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https://xuanyuan.cloud/agents.md
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PIA - 蛋白质推断算法工具箱
镜像概述
PIA是一款基于质谱（MS）的蛋白质推断与鉴定分析工具箱，可用于检查常见蛋白质组学光谱识别搜索引擎的结果，无缝整合这些结果并进行统计分析。其核心聚焦于集成推断算法（从已识别的光谱集中推导蛋白质），同时支持检查肽段光谱匹配（PSM）、跨不同搜索引擎结果计算FDR值，以及可视化PSM、肽段与蛋白质之间的对应关系。
核心功能
- 整合多搜索引擎的光谱识别结果
- 基于集成算法进行蛋白质推断
- 计算跨结果的FDR（错误发现率）值
- 检查肽段光谱匹配（PSM）数据
- 可视化PSM、肽段与蛋白质的对应关系
使用场景
适用于蛋白质组学研究领域，例如科研机构、生物信息学实验室对质谱数据进行蛋白质鉴定与推断分析，整合不同搜索引擎结果以提升分析准确性。
配置说明
使用该镜像需挂载输入数据目录（包含搜索引擎输出或PIA中间文件、分析JSON文件）和输出目录（用于存储结果）。以下是典型操作示例：
执行PIA编译
bashdocker run --rm -v /本地输入路径:/data/in -v /本地输出路径:/data/out docker.xuanyuan.run/julianusz/pia --compile -o /data/out/pia-compilation.xml /data/in/search_result1.dat /data/in/search_result2.idXML [更多搜索结果文件]
执行PIA分析
需先准备PIA中间文件（编译结果）和JSON格式的分析文件（生成方法参考https://github.com/mpc-bioinformatics/pia/wiki%EF%BC%89%EF%BC%9A
bashdocker run --rm -v /本地输入路径:/data/in -v /本地输出路径:/data/out docker.xuanyuan.run/julianusz/pia /data/in/pia-analysis.json /data/in/pia-compilation.xml
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
DockerHub 原生拉取命令
docker pull julianusz/pia:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"