k1sauce/batch-align

k1sauce/batch-align镜像说明

镜像概述

本镜像基于AmazonLinux系统构建，集成STAR 2.7.0f（序列比对工具）和Salmon v0.13.1（转录组定量工具）两款生物信息学常用工具，镜像大小3.15GB，可直接用于RNA-seq数据分析流程。

核心功能

1. STAR比对：高效完成RNA-seq reads与参考基因组的比对，支持剪接位点检测，适用于转录组数据分析场景。
2. Salmon定量：通过准映射技术快速计算转录本表达量，无需完整比对，提升分析效率。

使用场景

• RNA-seq数据常规分析流程中的比对与定量步骤
• 生物信息学实验中批量处理转录组样本数据
• 转录组表达量计算的标准化流程部署

配置说明

工具配置通过命令行参数实现：

• STAR：需指定参考基因组索引路径、输入reads文件路径、输出结果前缀等参数
• Salmon：需指定转录组索引路径、输入reads文件、文库类型等参数

部署示例

Docker Run运行STAR比对

bash
docker run --rm -v /本地数据目录:/data k1sauce/batch-align STAR \
--genomeDir /data/genome_index \
--readFilesIn /data/input_1.fastq /data/input_2.fastq \
--outFileNamePrefix /data/star_result/

Docker Run运行Salmon定量

bash
docker run --rm -v /本地数据目录:/data k1sauce/batch-align salmon quant \
-i /data/transcript_index \
-l A \
-1 /data/input_1.fastq \
-2 /data/input_2.fastq \
-o /data/salmon_result