karrlab/wc_env_dependencies

wc_env_dependencies Docker镜像文档

镜像概述和主要用途

wc_env_dependencies是一个Docker镜像，包含全细胞（WC）建模计算环境（https://hub.docker.com/r/karrlab/wc_env Docker镜像）所需的第三方依赖项。该镜像旨在提供稳定的依赖基础，支持开发者快速构建和更新wc_env环境。

核心功能和特性

包含的软件包

wc_env_dependencies包含以下全细胞建模所需的软件包：

• Python：3.6.5
• 生物信息学工具
  • https://pachterlab.github.io/kallisto%EF%BC%9A0.44.0
• 化学信息学工具
  • OpenBabel：2.4.1
• 优化求解器
  • CBC：2.8.5
  • CVXOPT：1.2.0
  • GLPK：4.64
  • FICO XPRESS：8.5.3
  • Gurobi：8.0.1
  • IBM CPLEX：12.8.0
  • Mosek：8.1.0.58
  • MINOS：5.6
  • https://github.com/rmcgibbo/quadprog
  • SciPy：1.1.0
  • SoPlex：3.1.1
• 多个Python开发工具
• 全细胞建模所需的PyPI Python包

设计理念

wc_env_dependencies与wc_env分离设计，使开发者能够快速重建wc_env（包含最新版本的全细胞模型和建模工具），而无需重新构建相对稳定的第三方依赖项，提高开发效率。

安装方法

前提条件

1. 安装Docker

安装步骤

通过以下命令拉取wc_env_dependencies镜像：

bash
docker pull karrlab/wc_env_dependencies

更新方法

通过以下命令更新wc_env_dependencies镜像至最新版本：

bash
docker pull karrlab/wc_env_dependencies

使用方法

交互式bash shell

以下命令启动基于wc_env_dependencies的交互式容器，并进入bash shell：

bash
docker run --interactive --tty --rm karrlab/wc_env_dependencies:latest \
    bash

执行命令

以下命令在基于wc_env_dependencies的容器中执行指定命令（示例为输出"Hello world"）：

bash
docker run --tty --rm karrlab/wc_env_dependencies:latest \
    bash -c "echo 'Hello world'"

许可证

MIT许可证（MIT）

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开发团队

该镜像由纽约西奈山伊坎医学院的Karr Lab开发。

问题与反馈

如有任何问题或意见，请联系Karr Lab。