kbessonov/mob_suite

MOB-Suite镜像说明

镜像概述

本镜像包含功能完整的最新版MOB-Suite工具，用于质粒分型分析。更多详情可参考原项目：https://github.com/phac-nml/mob-suite

核心功能

• 质粒聚类：对不同来源的质粒序列进行聚类分析
• 质粒重建：从基因组草图中重建完整质粒序列
• 质粒分型：基于序列特征对质粒进行分类和分型

使用场景

适用于生物信息学领域，针对基因组测序后的草图组装数据，开展质粒相关的分析研究，如微生物耐药质粒的鉴定与分型等场景。

配置说明

• 需将本地包含序列文件的目录挂载到容器内的/mob-suite路径
• Lite版本（后缀含lite）不包含初始化数据库，需通过-d参数挂载外部数据库

部署示例

拉取镜像

bash
docker pull kbessonov/mob_suite:<tag>
# 示例：拉取3.0.3版本
docker pull kbessonov/mob_suite:3.0.3

运行分析

bash
docker run -v <本地目录路径>:/mob-suite --rm kbessonov/mob_suite:3.0.3 bash -c "cd mob-suite && mob_typer -i plasmid.fasta -o plasmid-report.txt"
# 说明：<本地目录路径>为包含序列文件的本地目录，可替换bash命令中的工具（如mob_cluster等）执行其他分析

Singularity格式转换

拉取镜像（可选）

bash
docker pull kbessonov/mob_suite:<tag>

转换为只读sif镜像

bash
docker run -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock -v /tmp/mob_suite_image:/output --privileged -t --rm singularityware/docker2singularity kbessonov/mob_suite:3.0.3
# 结果文件将保存到本地/tmp/mob_suite_image目录

转换为可写ext3镜像

bash
docker run -v /var/run/docker.sock:/var/run/docker.sock -v /tmp/mob_suite_image:/output --privileged -t --rm singularityware/docker2singularity --writable kbessonov/mob_suite:3.0.3

转换为可写沙箱目录

bash
docker run -it --rm singularityware/singularity build --sandbox mob_suite_3.0.3/ mob_suite_3.0.3.sif
# 运行沙箱：singularity shell --writable mob_suite_3.0.3/

Lite版本说明

Lite版本（标签含lite后缀）不包含初始化数据库，以节省镜像空间。使用时需通过-d参数挂载所需数据库文件。