kekemook/analysis
kekemook
提供包含R和Python环境的Jupyter Notebook容器，支持生物信息学/生物统计学分析，如Illumina甲基化芯片数据 pipeline 构建、基因组数据处理及相关学术研究。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：kekemook仓库类型：镜像最近更新：1 年前
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如果你使用 DeepSeek、元宝 AI、Copilot、ChatGPT 等 AI 工具，协助配置轩辕镜像、编写 docker pull 命令、修改 Docker Compose 镜像地址、配置镜像加速、排查镜像拉取失败、分析报错日志等问题，请先让 AI 阅读并遵守轩辕镜像的规则文档。
只需在 AI 对话中先发送下面这句话即可：
请先完整阅读并严格遵守以下文档中的全部规则与要求：
https://xuanyuan.cloud/agents.md
在未充分阅读并理解该文档前，不要生成任何命令、配置、修改建议、故障排查方案或技术回答。后续所有输出都必须严格以该文档中的规范为最高优先级执行。查看 agents.md 用法指南与完整示范。国内用户首推 元宝 AI、DeepSeek 的深度思考模式，不推荐豆包 AI；Cursor 等编辑器可在对话 @ 该链接，或加入 User Rules。 若 AI 无法访问外链，可 打开说明文档 复制全文粘贴。文档会随站点更新，复制内容可能过期，建议定期检查。
镜像概述
本容器提供集成R和Python环境的Jupyter Notebook，主要用于生物信息学与生物统计学领域的数据分析工作，包括Illumina甲基化芯片（如MethylationEPIC array）数据的pipeline构建及结果分析，同时支持基因型数据、基因组序列数据的处理。
核心功能
- 构建Illumina甲基化芯片数据的生物信息学/生物统计学分析pipeline
- 支持甲基化数据、基因型数据、基因组序列数据的分析与可视化
- 提供丰富的R包（如RnBeads、minfi、DMRcate）、Python包（如numpy、pandas、GEOparse）及专业软件（如bcftools、plink、iqtree）
- 可通过Jupyter Notebook进行交互式数据分析
使用场景
- 生物信息学研究人员处理Illumina甲基化芯片数据
- 基因型数据的质控、关联分析及PRS计算
- 基因组序列的系统发育树构建与分析
- 学术研究中的多组学数据整合分析
配置说明
注意事项
若需在Jupyter Notebook中启动R会话，需执行以下步骤：
- 启动容器的交互式shell：
docker run -it --rm kekemook/analysis bash - 进入R环境：
R - 安装IRkernel：
IRkernel::installspec()
部署示例
Docker Run命令
bashdocker run -d -p 8888:8888 \ --name bio-analysis \ docker.xuanyuan.run/kekemook/analysis \ jupyter notebook --ip=0.0.0.0 --allow-root --no-browser
启动后，访问http://localhost:8888即可进入Jupyter Notebook界面（需输入容器内Jupyter生成的token）。
关键软件路径
- bcftools：
/opt/miniconda3/envs/analysis/bin/bcftools - plink1.9：
/opt/plink - iqtree2：
/opt/iqtree-2.1.3-Linux/bin/iqtree2 - Python环境（analysis）：
/opt/miniconda3/envs/analysis/bin/python - R环境：系统默认R（已安装所需包） ===END===
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 analysis 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/kekemook/analysis:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull kekemook/analysis:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
来自真实用户的反馈，见证轩辕镜像的优质服务
oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"