kristiyanto/p3

P3：便携式蛋白质组学管道

Github: https://github.com/kristiyanto/P3
Dockerhub: https://hub.docker.com/r/kristiyanto/p3/

镜像概述

P3是一个用于质谱数据预处理管道的Docker容器，包含蛋白质鉴定（使用PNNL开发的MSGF+工具）和定量（Bioconductor的http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/MSnbase.html%EF%BC%89%E5%8A%9F%E8%83%BD%E3%80%82

核心功能

• 支持多种质谱原始文件格式：.mzml、.mzml.gz、.mgf、.mzxml、.ms2、.pkl
• 可从本地挂载目录、FTP地址或PrideID获取输入数据
• 生成多类型输出文件：结果表格（.txt）、R对象文件（.rda）、MSGF+鉴定结果（*.mzid）

使用场景

适用于科研人员进行蛋白质组学数据分析，处理质谱数据以完成蛋白质鉴定和定量任务。

配置说明

若未提供p3.config配置文件，容器会自动生成模板。运行前需检查配置文件以确保管道按预期执行。

Docker部署示例

拉取镜像

bash
docker pull kristiyanto/p3

运行容器（本地文件挂载）

bash
# Windows示例  
docker run --rm -v /c/Users/daniel/p3-data:/root/data kristiyanto/p3  

# Mac/Linux示例  
docker run --rm -v ~/Desktop/p3-data:/root/data kristiyanto/p3  

输入输出

输入

• 质谱原始文件（支持上述格式）
• 肽序列文件（*.fasta）
• 可选：p3.config配置文件

输出

• *.txt：制表符分隔的结果文件（含谱图评估值、鉴定肽段、定量结果等）
• *.rda：R对象文件（导入前需安装MSnbase包）
• *.mzid：MSGF+生成的鉴定结果文件

系统要求

• 需安装Docker引擎（https://docs.docker.com/engine/installation/%EF%BC%89
• 至少4GB可用内存（根据数据大小调整）

配置文件示例

1. 使用PRIDE作为数据源（谱计数）：https://github.com/kristiyanto/P3/tree/master/SAMPLES/PrideID
2. 使用FTP作为数据源（谱计数）：https://github.com/kristiyanto/P3/tree/master/SAMPLES/FTP
3. 本地文件（iTRAQ4）：https://github.com/kristiyanto/P3/tree/master/SAMPLES/iTRAQ4
4. 本地文件（谱计数）：https://github.com/kristiyanto/P3/tree/master/SAMPLES/LOCAL

联系信息

欢迎通过提交拉取请求贡献新功能、更新或修复。

Daniel Kristiyanto & Samuel Payne
Pacific Northwest National Laboratory
Richland, WA
Spring, 2016