lmengxing/myubuntu

MyUbuntu：神经影像分析Docker容器

概述

MyUbuntu是一个基于Ubuntu 18.04LTS的Docker容器，集成了多种主流神经影像分析软件及计算工具（R、Python）。该容器旨在解决神经影像软件安装配置复杂、环境依赖冲突等问题，为研究者提供一个开箱即用、稳定可复现的神经影像分析环境。

主要用途

适用于以下场景：

• Windows系统用户需进行神经影像分析
• 特定神经影像软件安装或配置困难
• 在高性能计算（HPC）环境中，用户无权限自由安装库
• 需要干净、稳定、可复现的计算环境

核心功能与特性

预装主要软件及版本

容器内置以下神经影像分析工具及计算环境，版本固定以确保分析可复现性：

• Freesurfer: 7.2.0
• ANTs: 2.4.0（SHA:04a018d）
• AFNI: AFNI_22.2.02 'Marcus * Aurelius'
• MRtrix3: 3.0.3
• FSL: 6.0.2
• Python: 2.7.17 / 3.6.9
• R: 3.6.3

安装方法

可通过两种方式在个人计算机或HPC上安装该容器：

A. 从Dockerfile构建

需先在本地安装Docker引擎，通过源码构建容器：

bash
$ git clone https://github.com/MengxingLiu/myubuntu.git
$ cd myubuntu/
$ docker build -t myubuntu:0.1 .

注意：构建过程需2-3小时（需从源码编译软件）。部分依赖库可能因安装时间不同而使用最新版本，但神经影像工具版本固定如上。

B. 从Docker Hub拉取

支持Docker或Singularity（HPC常用替代方案）拉取：

使用Docker拉取

bash
$ docker pull docker.xuanyuan.run/lmengxing/myubuntu:0.1

使用Singularity拉取

bash
$ singularity build myubuntu_0.1.sif docker://lmengxing/myubuntu:0.1

使用方法

容器设计目标是提供交互式神经影像分析环境，支持用户接入自有数据和分析流程。

基础运行示例

Docker运行

bash
$ docker run -it lmengxing/myubuntu:0.1
# 或（根据用户权限）
$ sudo docker run -it lmengxing/myubuntu:0.1

Singularity运行

bash
$ singularity shell myubuntu_0.1.sif

数据挂载示例

通常需将本地数据挂载到容器中以进行分析。容器内/root/work目录为推荐挂载点：

Docker挂载

bash
$ docker run -it -v /home/username/project:/root/work lmengxing/myubuntu:0.1

Singularity挂载

bash
$ singularity shell --bind /home/username/project:/root/work myubuntu_0.1.sif

挂载后，本地/home/username/project目录内容可在容器内/root/work目录访问。支持多目录挂载至容器任意路径（即使路径原不存在）。

贡献

欢迎对容器功能提出改进建议：如需添加特定工具，可提交issue；或Fork仓库添加工具后提交PR。