lucastung/gapp_genome

基因组变异分析工具集镜像

镜像概述

本Docker镜像提供了一个全面且开箱即用的基因组变异分析环境，整合了大量常用的生物信息学工具到单一容器中，有效解决了软件包兼容性问题并简化了环境搭建流程。用户无需单独安装各工具，即可直接使用这些强大的分析功能。

核心功能

• 一站式解决方案：包含基因组变异分析各阶段（比对、变异检测、注释、质量控制等）的必备工具。
• 无缝兼容性：消除依赖冲突，确保所有工具在一致环境中协同工作。
• 零安装门槛：即时启动使用，无需复杂的安装或配置步骤。
• 开发者友好：为开发者提供理想的沙箱环境，便于设计、测试和优化分析 pipeline。

包含软件版本

比对与预处理

• bwa: 0.7.19
• samtools: 1.22.1
• sambamba: 1.0.1
• fastp: 1.0.1
• trimmomatic: 0.40

变异检测与注释

• delly: 1.5.0
• cnvkit: 0.9.12
• gatk4: 4.6.2.0
• picard: 3.4.0
• bcftools: 1.22
• snpeff: 5.2
• snpsift: 5.2

质量控制与可视化

• bedtools: 2.31.1
• fastqc: 0.12.1
• igv: 2.19.4
• multiqc: 1.30
• qualimap: 2.3

专用工具

• optitype: 1.3.5
• rclone: 1.71.0
• bioconductor-maftools: 2.22.0

使用场景

• 科研人员进行基因组变异分析（如SNV、CNV检测等）。
• 生物信息学开发者测试和优化分析流程。
• 教学场景中快速搭建基因组分析环境。

配置说明与部署示例

Docker Run示例

挂载本地数据目录到容器内，以便处理本地基因组数据：

bash
docker run -v /path/to/local/data:/data -it docker.xuanyuan.run/lucastung/gapp_genome bash

进入容器后，即可使用容器内的工具（如bwa、gatk4）对/data目录下的文件进行分析。

Docker Compose示例

创建docker-compose.yml文件：

yaml
version: '3'
services:
  gapp_genome:
    image: docker.xuanyuan.run/lucastung/gapp_genome
    volumes:
      - ./data:/data
    tty: true

执行启动命令：

bash
docker-compose up -d
docker-compose exec gapp_genome bash