marcindulak/nwchem-openmpi
marcindulak
基于Fedora构建的NWCHEM（化学计算软件）Docker镜像，集成openmpi，用于运行化学计算任务，支持通过Docker和docker-compose部署，镜像可在Docker Hub获取。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：marcindulak仓库类型：镜像最近更新：1 年前
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NWCHEM-OpenMPI Docker镜像文档
镜像概述和主要用途
本Docker镜像基于Fedora构建，包含NWCHEM（[***]
核心功能和特性
- 基于Fedora系统，提供稳定的运行环境
- 集成openmpi，支持MPI并行计算
- 包含NWCHEM化学计算软件，可执行量子化学、分子动力学等计算任务
- 支持通过Docker卷挂载本地目录，方便输入文件提交和输出结果获取
使用场景和适用范围
适用于需要进行化学计算的科研人员、学生或相关领域开发者，可用于：
- 量子化学计算（如DFT能量计算、分子结构优化等）
- 并行计算任务测试与运行
- 跨平台化学计算环境快速部署
使用方法和配置说明
前提条件
确保已安装Docker并能正常运行docker run hello-world示例（参考https://docs.docker.com/get-started/%EF%BC%89%E3%80%82Windows%E7%94%A8%E6%88%B7%E9%9C%80%E5%AE%89%E8%A3%85https://hub.docker.com/editions/community/docker-ce-desktop-windows%EF%BC%8C%E5%B9%B6%E6%B3%A8%E6%84%8F%E5%88%87%E6%8D%A2%E8%87%B3Linux%E5%AE%B9%E5%99%A8%E6%A8%A1%E5%BC%8F%EF%BC%88%E8%8B%A5%E5%87%BA%E7%8E%B0%22image operating system 'linux' cannot be used on this platform"错误，参考https://docs.docker.com/docker-for-windows/#switch-between-windows-and-linux-containers%EF%BC%89%E3%80%82
基本功能测试
运行以下命令测试NWCHEM基本功能：
shdocker run --rm -it marcindulak/nwchem-openmpi:latest bash -c '. /etc/profile.d/modules.sh&& module use /usr/share/modulefiles&& module load mpi/openmpi-x86_64&& echo -e "geometry\nH 0 0 0\nH 0 0 1\nend\nbasis\nH library STO-3G\nend\ntask dft energy" > /tmp/h2.nw && mpiexec --allow-run-as-root -np 1 nwchem_openmpi /tmp/h2.nw'
运行自定义作业
为使NWCHEM生成的输出文件可在本地访问，需先创建本地存储目录并准备输入脚本：
shmkdir myjob # 创建本地作业目录 # 在myjob目录中创建NWCHEM输入脚本（如h2.nw）
方法一：使用docker-compose运行
创建docker-compose.myjob.yml文件，然后执行：
shdocker-compose -f docker-compose.myjob.yml up --exit-code-from nwchem
作业完成后，清理容器：
shdocker-compose -f docker-compose.myjob.yml down
方法二：手动运行
通过Docker卷挂载本地目录并执行作业：
shdocker run --name myjob --rm -it -v "$(pwd)/myjob:/mnt" marcindulak/nwchem-openmpi:latest bash -c '. /etc/profile.d/modules.sh&& module use /usr/share/modulefiles&& module load mpi/openmpi-x86_64&& cd /mnt&& mpiexec --allow-run-as-root -np 2 nwchem_openmpi h2.nw > h2.out'
查看输出文件
作业完成后，通过以下命令查看输出结果：
shcat myjob/h2.out
构建方法
本地构建
基于本地Dockerfile构建镜像：
shdocker build -t nwchem-openmpi .
查看构建的镜像：
shdocker images
Docker镜像标签约定
镜像标签格式为NWCHEM版本号-构建号，例如NWCHEM 6.8.1的第一个构建版本标签为6.8.1-1。注意该标签可能对应Fedora的RPM包版本（如6.8.1-5.fc29.x86_64），具体版本信息可查看Dockerfile中的ENV变量。
依赖
- Docker
- （可选）docker-compose
本Dockerfile的许可证
Apache-2.0
注意：NWCHEM软件本身的许可证请参考https://github.com/nwchemgit/nwchem/blob/master/LICENSE.TXT%E3%80%82
Todo
（暂无内容）
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 nwchem-openmpi 镜像标签
docker pull docker.xuanyuan.run/marcindulak/nwchem-openmpi:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull marcindulak/nwchem-openmpi:<标签>
镜像拉取常见问题
功能
错误码
用户好评
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oldzhang
运维工程师
Linux服务器
5
"Docker访问体验非常流畅，大镜像也能快速完成下载。"