mcp/aws-healthomics-mcp-server

生成、运行和调试生命科学工作流。

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AWS HealthOmics MCP Server

生成、运行和调试生命科学工作流。

什么是MCP Server？

MCP 信息

属性	详情
Docker 镜像	mcp/aws-healthomics-mcp-server
作者	awslabs
代码仓库	[***]

镜像构建信息

属性	详情
Dockerfile	[***]
Docker 镜像构建者	Docker Inc.
Docker Scout 健康评分	!Docker Scout Health Score
验证签名	`COSIGN_REPOSITORY=mcp/signatures cosign verify mcp/aws-healthomics-mcp-server --key [***]`
许可证	Apache License 2.0

可用工具 (20)

此服务器提供的工具	简短描述
`AnalyzeAHORunPerformance`	分析AWS HealthOmics工作流运行性能并提供优化建议。
`CreateAHOWorkflow`	创建新的HealthOmics工作流。
`CreateAHOWorkflowVersion`	为现有工作流创建新版本。
`DiagnoseAHORunFailure`	为失败的工作流运行提供全面的诊断信息。
`GetAHORun`	获取特定运行的详细信息。
`GetAHORunEngineLogs`	检索包含工作流引擎进程STDOUT和STDERR的引擎日志。
`GetAHORunLogs`	检索显示工作流执行事件的高级运行日志。
`GetAHORunManifestLogs`	检索工作流完成或失败时生成的运行清单日志。
`GetAHORunTask`	获取特定任务的详细信息。
`GetAHOSupportedRegions`	获取AWS HealthOmics可用的AWS区域列表。
`GetAHOTaskLogs`	检索包含STDOUT和STDERR的特定工作流任务日志。
`GetAHOWorkflow`	获取特定工作流的详细信息。
`LintAHOWorkflowBundle`	对多文件WDL或CWL工作流包进行 lint 并返回验证结果。
`LintAHOWorkflowDefinition`	对WDL或CWL工作流定义进行 lint 并返回验证结果。
`ListAHORunTasks`	列出特定运行的任务。
`ListAHORuns`	列出工作流运行。
`ListAHOWorkflowVersions`	列出工作流的版本。
`ListAHOWorkflows`	列出可用的HealthOmics工作流。
`PackageAHOWorkflow`	将工作流定义文件打包为base64编码的ZIP。
`StartAHORun`	启动工作流运行。

工具详情

工具：`AnalyzeAHORunPerformance`

分析AWS HealthOmics工作流运行性能并提供优化建议。

此工具分析HealthOmics工作流运行，帮助用户优化：

资源利用模式（CPU、内存）
成本优化机会
性能瓶颈
资源分配效率
运行时优化建议

当用户询问以下问题时使用此工具：

"如何优化我的HealthOmics运行？"
"为什么我的工作流使用过多资源？"
"如何降低基因组工作流的成本？"
"我的运行中哪些资源被浪费了？"
"如何提高工作流性能？"

该工具检索包含任务级指标的详细清单日志，并提供结构化数据和分析说明，以支持AI驱动的洞察。

参数	类型	描述
`run_ids`	`string`	要分析资源优化的运行ID列表。可提供为JSON数组字符串（如["run1", "run2"]）或逗号分隔字符串（如"run1,run2"）

工具：`CreateAHOWorkflow`

创建新的HealthOmics工作流。

参数	类型	描述
`name`	`string`	工作流名称
`container_registry_map`	`string` 可选	可选的容器注册表映射，包含registryMappings（upstreamRegistryUrl、ecrRepositoryPrefix、upstreamRepositoryPrefix、ecrAccountId）和imageMappings（sourceImage、destinationImage）数组
`container_registry_map_uri`	`string` 可选	指向包含容器注册表映射的JSON文件的S3 URI。不能与container_registry_map一起使用
`definition_uri`	`string` 可选	工作流定义ZIP文件的S3 URI。不能与definition_zip_base64一起使用
`definition_zip_base64`	`string` 可选	base64编码的工作流定义ZIP文件。不能与definition_uri一起使用
`description`	`string` 可选	工作流的可选描述
`parameter_template`	`string` 可选	工作流的可选参数模板

工具：`CreateAHOWorkflowVersion`

为现有工作流创建新版本。

参数	类型	描述
`version_name`	`string`	新版本的名称
`workflow_id`	`string`	工作流ID
`container_registry_map`	`string` 可选	可选的容器注册表映射，包含registryMappings（upstreamRegistryUrl、ecrRepositoryPrefix、upstreamRepositoryPrefix、ecrAccountId）和imageMappings（sourceImage、destinationImage）数组
`container_registry_map_uri`	`string` 可选	指向包含容器注册表映射的JSON文件的S3 URI。不能与container_registry_map一起使用
`definition_uri`	`string` 可选	工作流定义ZIP文件的S3 URI。不能与definition_zip_base64一起使用
`definition_zip_base64`	`string` 可选	base64编码的工作流定义ZIP文件。不能与definition_uri一起使用
`description`	`string` 可选	工作流版本的可选描述
`parameter_template`	`string` 可选	工作流的可选参数模板
`storage_capacity`	`string` 可选	存储容量（GB），STATIC类型必填
`storage_type`	`string` 可选	存储类型（STATIC或DYNAMIC）

工具：`DiagnoseAHORunFailure`

为失败的工作流运行提供全面的诊断信息。

此函数收集多种诊断信息来源，包括：

运行详情和失败原因
CloudWatch中的引擎日志
包含工作流摘要和资源指标的运行清单日志
所有失败任务的任务日志
可操作的故障排除建议

参数	类型	描述
`run_id`	`string`	失败运行的ID

工具：`GetAHORun`

获取特定运行的详细信息。

参数	类型	描述
`run_id`	`string`	要检索的运行ID

工具：`GetAHORunEngineLogs`

检索包含工作流引擎进程STDOUT和STDERR的引擎日志。

这些日志包含工作流引擎进程的所有输出，包括：

引擎启动和初始化消息
工作流解析和验证输出
任务调度和执行消息
错误消息和调试信息

参数	类型	描述
`run_id`	`string`	运行ID
`end_time`	`string` 可选	日志检索的可选结束时间（ISO格式）
`limit`	`integer` 可选	要返回的最大日志事件数
`next_token`	`string` 可选	来自先前响应的分页令牌
`start_from_head`	`boolean` 可选	是否从日志流的开头（True）或结尾（False）开始
`start_time`	`string` 可选	日志检索的可选开始时间（ISO格式）

工具：`GetAHORunLogs`

检索显示工作流执行事件的高级运行日志。

这些日志包含运行期间事件的高级摘要，包括：

运行创建和启动事件
文件导入开始和完成
工作流任务开始和完成
导出开始和完成
工作流完成

参数	类型	描述
`run_id`	`string`	运行ID
`end_time`	`string` 可选	日志检索的可选结束时间（ISO格式）
`limit`	`integer` 可选	要返回的最大日志事件数
`next_token`	`string` 可选	来自先前响应的分页令牌
`start_from_head`	`boolean` 可选	是否从日志流的开头（True）或结尾（False）开始
`start_time`	`string` 可选	日志检索的可选开始时间（ISO格式）

工具：`GetAHORunManifestLogs`

检索工作流完成或失败时生成的运行清单日志。

这些日志包含工作流的总体摘要，包括：

运行时信息
输入和输入摘要
消息和状态信息
带有资源分配和利用指标的任务摘要

参数	类型	描述
`run_id`	`string`	运行ID
`run_uuid`	`string`	可选的运行UUID
`end_time`	`string` 可选	日志检索的可选结束时间（ISO格式）
`limit`	`integer` 可选	要返回的最大日志事件数
`next_token`	`string` 可选	来自先前响应的分页令牌
`start_from_head`	`boolean` 可选	是否从日志流的开头（True）或结尾（False）开始
`start_time`	`string` 可选	日志检索的可选开始时间（ISO格式）

工具：`GetAHORunTask`

获取特定任务的详细信息。

参数	类型	描述
`run_id`	`string`	运行ID
`task_id`	`string`	任务ID

工具：`GetAHOSupportedRegions`

获取AWS HealthOmics可用的AWS区域列表。

工具：`GetAHOTaskLogs`

检索包含STDOUT和STDERR的特定工作流任务日志。

这些日志包含特定任务进程的输出，包括：

任务容器启动消息
应用程序特定的输出和错误消息
任务完成或失败信息

参数	类型	描述
`run_id`	`string`	运行ID
`task_id`	`string`	特定任务的ID
`end_time`	`string` 可选	日志检索的可选结束时间（ISO格式）
`limit`	`integer` 可选	要返回的最大日志事件数
`next_token`	`string` 可选	来自先前响应的分页令牌
`start_from_head`	`boolean` 可选	是否从日志流的开头（True）或结尾（False）开始
`start_time`	`string` 可选	日志检索的可选开始时间（ISO格式）

工具：`GetAHOWorkflow`

获取特定工作流的详细信息。

参数	类型	描述
`workflow_id`	`string`	要检索的工作流ID
`export_definition`	`boolean` 可选	是否包含用于下载工作流定义ZIP文件的预签名URL

工具：`LintAHOWorkflowBundle`

对多文件WDL或CWL工作流包进行 lint 并返回验证结果。

此工具使用适当的 lint 工具验证多文件工作流包：

WDL工作流：使用miniwdl包进行解析和验证，支持导入
CWL工作流：使用cwltool包进行解析和验证，支持依赖解析

该工具创建保留相对文件路径的临时目录结构，允许正确解析工作流文件之间的导入和依赖关系。

工具检查以下内容：

所有文件的语法错误和解析问题
缺少的必填字段（输入、输出、步骤）
导入/依赖解析
任务的运行时要求
常见的工作流结构问题

参数	类型	描述
`main_workflow_file`	`string`	包中主工作流文件的路径
`workflow_files`	`object`	将文件路径映射到其内容的字典
`workflow_format`	`string`	工作流格式：'wdl'或'cwl'

工具：`LintAHOWorkflowDefinition`

对WDL或CWL工作流定义进行 lint 并返回验证结果。

此工具使用适当的 lint 工具验证工作流定义：

WDL工作流：使用miniwdl包进行解析和验证
CWL工作流：使用cwltool包进行解析和验证

工具检查以下内容：

语法错误和解析问题
缺少的必填字段（输入、输出、步骤）
任务的运行时要求
常见的工作流结构问题

参数	类型	描述
`workflow_content`	`string`	要 lint 的工作流定义内容
`workflow_format`	`string`	工作流格式：'wdl'或'cwl'
`filename`	`string` 可选	可选的文件名（用于上下文）

工具：`ListAHORunTasks`

列出特定运行的任务。

参数	类型	描述
`run_id`	`string`	运行ID
`max_results`	`integer` 可选	要返回的最大结果数
`next_token`	`string` 可选	来自先前响应的分页令牌
`status`	`string` 可选	按任务状态筛选

工具：`ListAHORuns`

列出工作流运行。

参数	类型	描述
`created_after`	`string` 可选	筛选在此时间戳之后创建的运行（ISO格式）
`created_before`	`string` 可选	筛选在此时间戳之前创建的运行（ISO格式）
`max_results`	`integer` 可选	要返回的最大结果数
`next_token`	`string` 可选	来自先前响应的分页令牌
`status`	`string` 可选	按运行状态筛选