mcs07/postgres-rdkit

PostgreSQL + RDKit 化学信息处理镜像

镜像概述

本镜像基于官方PostgreSQL镜像构建，集成了RDKit化学信息处理插件（cartridge），可直接用于存储和查询化学结构数据。镜像完全继承官方PostgreSQL镜像的配置方式和环境变量，支持通过/docker-entrypoint-initdb.d目录添加初始化脚本。

核心功能

1. 支持化学结构数据（如SMILES字符串）的存储与索引
2. 提供RDKit内置的分子指纹生成、结构相似性查询等功能
3. 保留PostgreSQL数据库的所有原生功能（事务、索引、SQL查询等）

使用场景

• 化学信息学研究与数据分析
• 药物发现中的分子数据库管理
• 化学结构相关的应用开发与测试

配置说明

环境变量

与官方PostgreSQL镜像一致，主要变量包括：

• POSTGRES_PASSWORD：PostgreSQL超级用户密码（必填）
• POSTGRES_USER：超级用户名（默认值：postgres）
• POSTGRES_DB：初始化时创建的默认数据库
• PGDATA：数据库文件存储路径（默认值：/var/lib/postgresql/data）

部署示例

Docker Run 命令

启动后台运行的PostgreSQL服务：

bash
docker run --name mypostgres -p 5432:5432 -e POSTGRES_PASSWORD=mypassword -d mcs07/postgres-rdkit

Docker Compose 配置

与Adminer（数据库管理工具）配合使用的示例：

yaml
services:
  db:
    image: mcs07/postgres-rdkit
    restart: always
    environment:
      POSTGRES_PASSWORD: mypassword
    volumes:
      - /path/to/local/pgdata:/var/lib/postgresql/data
  
  adminer:
    image: adminer
    restart: always
    ports:
      - 8080:8080

构建说明

镜像采用多阶段构建以减少体积，依赖mcs07/rdkit镜像提供RDKit库。本地构建命令：

bash
docker build -t postgres-rdkit .