mdstudio/mdstudio_smartcyp

mdstudio/mdstudio_smartcyp

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镜像概述

MDStudio SMARTCyp服务整合了SMARTCyp反应性介导的细胞色素P450代谢位点预测和PLANTS结构介导的配体相互作用预测，提供科学研究级别的药物代谢分析能力。

核心功能

1. SMARTCyp代谢位点预测：基于反应性模型预测药物分子被细胞色素P450代谢的关键位点。
2. PLANTS配体对接：通过结构模型分析配体与蛋白的结合模式及相互作用。
3. SPORES结构准备：支持配体和蛋白结构的预处理（需自行获取SPORES工具）。
4. 多接口支持：提供REST API和WAMP协议两种访问方式，适配不同开发场景。

使用场景

• 药物研发中候选分子的代谢稳定性预测。
• 配体-蛋白相互作用的结构分析与验证。
• 学术研究中药物代谢相关的计算模拟实验。

配置说明

服务启动支持以下命令行参数：

• -a/--api_mode：接口模式（rest或wamp，默认REST）。
• -w/--base_work_dir：工作目录路径（默认系统临时目录）。
• -r/--result_storage_time：结果保留时间（小时，0表示不清理）。
• -p/--http_port：服务端口（默认8081）。

部署示例

Docker部署

bash
# 拉取镜像
docker pull mdstudio/mdstudio_smartcyp
# 启动容器（替换<container ID>为实际镜像ID）
docker run --name mdstudio_smartcyp -p 8081:8081 <container ID>

本地安装（需Python环境）

1. 克隆仓库：git clone https://github.com/MD-Studio/MDStudio_SMARTCyp.git
2. （可选）获取PLANTS和SPORES工具，按<工具名>_<平台>命名（如plants_linux），放入mdstudio_smartcyp/bin/目录。
3. 安装：pip install MDStudio_SMARTCyp/

REST服务使用示例

• 通过SMILES字符串运行SMARTCyp：

bash
curl -F smiles='C1=CC=C(C(=C1)CC(=O)O)NC2=C(C=CC=C2Cl)Cl' 'http://localhost:8081/smartcyp'

• 运行PLANTS对接：

bash
curl -F ligand_file='@/path/to/ligand.mol2' -F protein_file='@/path/to/protein.mol2' -F bindingsite_center=-0.989 -F bindingsite_center=3.261 -F bindingsite_center=0.826 'http://localhost:8081/plants_docking'

• 获取对接结果结构：

bash
curl -F paths=docking-9y4f3anb/diclofenac_entry_00001_conf_50.mol2 -F paths=docking-9y4f3anb/diclofenac_entry_00001_conf_49.mol2 'http://localhost:8081/plants_docking_structures'