mgibio/samtools-cwl

镜像概述

该Docker镜像集成了samtools、htslib和tabix工具，主要用于CWL（Common Workflow Language）工作流环境。为确保与特定工作流的兼容性，本镜像显式安装htslib 1.3.2版本，因samtools 1.3.1默认不会安装此版本。由于存在版本匹配需求，该镜像版本号从v1.0.0开始。

核心功能与特性

• 工具集成：包含samtools、htslib和tabix三款生物信息学常用工具，满足序列数据处理需求
• 版本控制：
  • samtools版本：1.3.1
  • htslib版本：1.3.2（显式安装以解决samtools默认版本不兼容问题）
• 工作流兼容：针对CWL工作流优化，确保与依赖特定htslib版本的工作流正常运行
• 版本起始：镜像版本从v1.0.0开始，便于版本追踪和兼容性管理

使用场景

适用于需要samtools、htslib或tabix工具的CWL工作流场景，尤其适合依赖htslib 1.3.2版本的生物信息学数据分析任务，如基因组数据处理、BAM/CRAM文件操作、序列索引等。

使用方法

基本使用

通过以下命令可运行镜像并验证工具版本：

bash
# 检查samtools版本
docker run --rm [镜像名称]:v1.0.0 samtools --version

# 检查htslib版本
docker run --rm [镜像名称]:v1.0.0 htsfile --version

# 检查tabix版本
docker run --rm [镜像名称]:v1.0.0 tabix --version

注：将[镜像名称]替换为实际Docker镜像名称。

在CWL工作流中集成

在CWL工作流描述文件中，通过DockerRequirement引用该镜像：

yaml
requirements:
  DockerRequirement:
    dockerPull: [镜像名称]:v1.0.0

工作流步骤示例

yaml
steps:
  process_bam:
    run: samtools-view.cwl
    requirements:
      DockerRequirement:
        dockerPull: [镜像名称]:v1.0.0
    inputs:
      input_bam:
        type: File
        path: input.bam
      regions: "chr1:1-100000"
    outputs:
      output_bam:
        type: File
        outputBinding:
          glob: output.bam

在上述示例中，CWL工作流将使用该镜像提供的samtools工具执行BAM文件区域提取操作。