mhoelzer/ribap

RIBAP镜像说明

镜像概述

RIBAP是一款综合性细菌核心基因集注释管道，基于Roary和成对ILPs技术构建，专注于物种和属水平的细菌泛基因组计算与比较。该镜像遵循GPL v3开源许可证，支持Python 3.6和Bash环境，适用于微生物学领域的学术研究场景。

核心功能

1. 自动化完成细菌核心基因集的注释工作
2. 支持物种及属层级的泛基因组计算分析
3. 实现泛基因组数据的跨样本比较

使用场景

• 细菌基因组结构与功能研究
• 微生物进化关系分析
• 细菌分类学相关学术探索

配置说明

使用镜像需挂载本地输入目录（存放FASTA格式基因组序列）和输出目录（保存分析结果），可通过参数调整线程数等运行配置。

Docker部署示例

bash
docker run --rm -it -v /home/user/results:/output -v /home/user/fasta:/input mhoelzer/ribap:1.0--190919 sh -c "ribap.sh -v -p 4 -o /output/ /input/*.fasta"

参数说明：-v挂载输入/输出目录；-p 4指定4线程运行；-o设置输出路径；/input/*.fasta为输入的基因组序列文件。