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该镜像提供病毒基因组分析的Nextflow pipeline，支持Illumina短读测序数据的组装、变异检测及相关质量控制，适用于霰弹枪测序和富集型（扩增子/探针捕获）文库制备的病毒样本分析。
下载次数: 0状态：社区镜像维护者：microbialgenomics仓库类型：镜像最近更新：4 年前
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https://xuanyuan.cloud/agents.md
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MicrobialGenomics/viralrecon 镜像说明
镜像概述
本镜像基于 https://github.com/nf-core/viralrecon 分叉而来，是一个生物信息学分析流程，用于对病毒样本进行基因组组装、宿主内/低频变异检测。流程支持Illumina短读测序数据，适配霰弹枪测序（如临床样本直接测序）和富集型文库制备（如扩增子、探针捕获）两种方法。流程通过Nextflow构建，结合Docker容器确保可移植性和结果可重复性。
核心功能
- 样本处理：支持从SRA/ENA/GEO下载样本，合并重测序FastQ文件；
- 质量控制：使用FastQC进行原始读段QC，通过fastp或Trimmomatic修剪适配器；
- 变异检测：包括读段比对（Bowtie2）、引物序列移除（iVar，仅扩增子数据）、重复标记（picard）、变异调用（VarScan2/BCFTools/iVar等）、变异注释（SnpEff/SnpSift）及共识序列生成；
- 从头组装：支持SPAdes/metaSPAdes等工具，包含引物修剪、宿主读段去除、组装评估等步骤；
- 结果报告：通过MultiQC整合所有QC和分析结果，生成可视化报告。
使用场景
- 临床病毒样本的霰弹枪测序数据分析；
- 扩增子文库（如ARTIC SARS-CoV-2富集方案）的病毒基因组分析；
- 探针捕获文库的病毒变异检测与组装；
- 病毒基因组的质量控制与结果可视化。
配置说明
- 依赖安装：需先安装Nextflow和Docker（或Conda作为备选）；
- 参数配置：支持多种参数调整，如
--protocol指定文库类型（amplicon/shotgun）、--amplicon_bed指定扩增子区域文件、--skip_assembly跳过组装步骤等。
部署示例
测试运行
bashnextflow run MicrobialGenomics/viralrecon -profile test,docker
霰弹枪测序分析
bashnextflow run MicrobialGenomics/viralrecon \ --input samplesheet.csv \ --genome 'MN908947.3' \ -profile docker
扩增子测序分析
bashnextflow run MicrobialGenomics/viralrecon \ --input samplesheet.csv \ --genome 'MN908947.3' \ --protocol amplicon \ --amplicon_bed ./nCoV-2019.artic.V3.bed \ --skip_assembly \ -profile docker
镜像拉取方式
您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问 标签列表页面。
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docker pull docker.xuanyuan.run/microbialgenomics/viralrecon:<标签>
DockerHub 原生拉取命令
docker pull microbialgenomics/viralrecon:<标签>
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oldzhang
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