microbiomedata/enviroms

microbiomedata

EnviroMS是一款用于自然有机物质谱数据处理与注释的工作流工具，支持多种仪器原始文件及通用质量列表输入，提供分子公式搜索分配、同位素结构计算等功能，输出结构化数据表格与可视化图表。

下载次数: 0状态：社区镜像维护者：microbiomedata仓库类型：镜像最近更新：1 个月前

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镜像标签列表与下载命令

EnviroMS镜像说明

镜像概述

EnviroMS是针对自然有机物（Natural Organic Matter）质谱数据处理与注释的专业工作流工具，当前版本为5.1.0。它支持Thermo.raw、Bruker.d等仪器原始文件及通用质量列表输入，输出包含分子公式表格及质量误差图、Van Krevelen图等可视化图表，适用于FT-ICR MS和LC-FT-ICR MS数据结构类型。

核心功能

自动本地（SQLite）或外部（PostgreSQL）数据库检查、生成与搜索
自然有机物ESI(-) MS数据的自动分子公式分配算法
所有同位素的自动精细同位素结构计算与搜索
灵活的Kendrick归一化基准、密度聚类过滤及分类
杂原子分类与可视化
多格式数据输出（Pandas DataFrame、CSV、Excel、JSON等）

使用场景

环境样品中自然有机物的质谱数据分析
FT-ICR MS/LC-FT-ICR MS实验数据的自动化处理与注释
分子公式分配与同位素特征分析

配置说明

生成配置模板：通过Docker命令导出enviroms.toml和corems.toml模板文件
修改配置：根据数据集和工作流参数调整模板中的路径及参数（需在enviroms.toml中指定corems.toml路径）
运行工作流：使用修改后的配置文件执行数据处理任务

Docker部署示例

拉取镜像

bash
docker pull microbiomedata/enviroms:latest

生成配置模板

bash
# 导出enviroms.toml模板
docker run -v $(configuration_dir):/enviroms/configuration \
  microbiomedata/enviroms:latest enviroMS dump_di_template /enviroms/configuration/enviroms.toml

# 导出corems.toml模板
docker run -v $(configuration_dir):/enviroms/configuration \
  microbiomedata/enviroms:latest enviroMS dump_corems_template /enviroms/configuration/corems.toml

运行工作流

bash
docker run -v $(data_dir):/enviroms/data \
  -v $(configuration_dir):/enviroms/configuration \
  microbiomedata/enviroms:latest enviroMS run-di /enviroms/configuration/enviroms.toml

（注：$(data_dir)为存放FT-ICR MS数据的目录，$(configuration_dir)为存放配置文件的目录）

镜像拉取方式

您可以使用以下命令拉取该镜像。请将 <标签> 替换为具体的标签版本。如需查看所有可用标签版本，请访问标签列表页面。

轩辕镜像加速拉取命令点我查看更多 enviroms 镜像标签

docker pull docker.xuanyuan.run/microbiomedata/enviroms:<标签>

使用方法：

DockerHub 原生拉取命令

docker pull microbiomedata/enviroms:<标签>

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