mjstealey/docker-modflow

docker-modflow

Docker实现的MODFLOW-2005-v.1.11.00

基于Unix文件结构的源代码构建。

从Docker Hub拉取预编译镜像

https://hub.docker.com/r/mjstealey/docker-modflow/%E4%BC%9A%E5%9C%A8%E4%BB%A3%E7%A0%81%E6%8F%90%E4%BA%A4%E6%97%B6%E8%87%AA%E5%8A%A8%E6%9E%84%E5%BB%BA%E5%B9%B6%E6%8E%A8%E9%80%81%E5%88%B0Docker Hub。Docker Hub是Docker提供的云托管服务，支持公共和私有内容的 registry。了解更多关于[***]

bash
docker pull mjstealey/docker-modflow

使用方法

调用mf2005 MYFILE.nam执行模拟，其中MYFILE.nam是MODFLOW模拟的名称文件。
这需要将本地MODFLOW输入文件所在的目录（假设为/LOCALPATH）共享给容器，容器内部会将其挂载为/workspace。生成的输出文件（如.lst）会写入共享的/LOCALPATH目录。

bash
docker run --rm --env-file sample-env-file.env -v /LOCALPATH:/workspace mjstealey/docker-modflow mf2005 MYFILE.nam 

• 示例环境文件sample-env-file.env（根据安装需求更新）：

  WORKER_UID=
  WORKER_GID=
  

  关于UID/GID：如果WORKER_UID和WORKER_GID均为空，容器将以root用户运行。如果设置了这两个变量，容器将以指定UID和GID的worker用户运行。若仅设置其中一个，未设置的将默认值为999。这在需要尊重主机共享卷的读写权限时非常有用。

示例1：假设要运行名称文件为bcf2ss.nam的输入文件，位于本地目录**/mydirectory**：

bash
$ ls /mydirectory/ -1
bcf2ss.ba6
bcf2ss.bc6
bcf2ss.dis
bcf2ss.nam
bcf2ss.oc
bcf2ss.pcg
bcf2ss.rch
bcf2ss.riv
bcf2ss.wel

通过映射共享卷-v /mydirectory:/workspace并指定执行mf2005 bcf2ss.nam： （由于未指定WORKER_UID和GID，容器以root运行，输出文件将属于root）

bash
$ docker run --rm -v /mydirectory:/workspace mjstealey/docker-modflow mf2005 bcf2ss.nam

                                  MODFLOW-2005
    U.S. GEOLOGICAL SURVEY MODULAR FINITE-DIFFERENCE GROUND-WATER FLOW MODEL
                             Version 1.11.00 8/8/2013

 Using NAME file: bcf2ss.nam
 Run start date and time (yyyy/mm/dd hh:mm:ss): 2016/09/27 18:29:16

 Solving:  Stress period:     1    Time step:     1    Ground-Water Flow Eqn.
 Solving:  Stress period:     2    Time step:     1    Ground-Water Flow Eqn.
 Run end date and time (yyyy/mm/dd hh:mm:ss): 2016/09/27 18:29:16
 Elapsed run time:  0.013 Seconds

  Normal termination of simulation

成功完成后，本地**/mydirectory将出现输出文件bcf2ss.lst**：

bash
$ ls /mydirectory/ -1
bcf2ss.ba6
bcf2ss.bc6
bcf2ss.dis
bcf2ss.lst    <-- 输出文件
bcf2ss.nam
bcf2ss.oc
bcf2ss.pcg
bcf2ss.rch
bcf2ss.riv
bcf2ss.wel

示例2：运行名称文件为UZFtest2.nam的输入文件，位于**/mydirectory**，并希望输出文件属于UID=1000、GID=1000的本地用户：

bash
$ ls /mydirectory/ -1
UZFtest2.ba6
UZFtest2.dis
UZFtest2.gag
UZFtest2.ghb
UZFtest2.lpf
UZFtest2.nam
UZFtest2.oc
UZFtest2.sfr
UZFtest2.sip
UZFtest2.uzf
UZFtest2.wel

设置sample-env-file.env：

WORKER_UID=1000
WORKER_GID=1000

调用命令：

bash
$ docker run --rm --env-file sample-env-file.env -v /mydirectory:/workspace mjstealey/docker-modflow mf2005 UZFtest2.nam

                                  MODFLOW-2005
    U.S. GEOLOGICAL SURVEY MODULAR FINITE-DIFFERENCE GROUND-WATER FLOW MODEL
                             Version 1.11.00 8/8/2013

 Using NAME file: UZFtest2.nam
 Run start date and time (yyyy/mm/dd hh:mm:ss): 2016/09/27 18:20:26

 ...（省略中间运行日志）...
  Normal termination of simulation

成功后，输出文件将属于UID=1000和GID=1000：

bash
$ ls /mydirectory/ -1
...（省略其他文件）...
UZFtest2.lst    <-- 输出文件
...（省略其他文件）...

也可以直接在docker run命令中传递环境变量，无需环境文件：

$ docker run --rm \
  -e WORKER_UID=1000 \
  -e WORKER_GID=1000 \
  -v /mydirectory:/workspace \
  mjstealey/docker-modflow mf2005 UZFtest2.nam

模型验证： 若容器运行时未带任何额外参数，将遍历test-run目录中的所有**.nam文件进行测试。预期输出的.lst文件样本位于test-out**目录，可用于对比验证。

bash
docker run --rm mjstealey/docker-modflow

示例3：无参数运行容器的输出：

bash
$ docker run --rm mjstealey/docker-modflow

### RUNNING TESTS ###
RUN: MNW2-Fig28.nam

...（省略测试运行日志）...
  Normal termination of simulation
RUN: UZFtest2.nam

...（省略测试运行日志）...
  Normal termination of simulation
...（省略其他测试）...