mpgagebioinformatics/flaski

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Flaski

镜像概述和主要用途

Flaski 是一个基于 https://github.com/mpg-age-bioinformatics/myapp 的 Web 应用集合，专为生命科学领域的数据分析和可视化设计。它提供了一个集成平台，支持交互式数据分析、用户认证、插件式应用扩展等功能，可部署在服务器端，支持多平台运行。

Flaski 可通过 [***] 免费使用。

!flaski

核心功能和特性

Flaski 具备以下核心功能和特性：

• 交互式数据分析
• 用户级身份认证
• 插件式应用扩展（Apps as plugins）
• 会话管理
• 服务器存储
• 图形用户界面与编程接口转换（Graphic User Interface to Programmatic Interface）
• 应用间通信（App2App communication）
• 服务器端部署
• 后台任务处理
• 数据库访问支持
• 使用统计分析
• 实时错误报告
• 可扩展性
• 持续交付
• 全栈就绪
• 多平台支持：amd64、arm64 和 aarch64

使用场景和适用范围

Flaski 主要适用于生命科学领域的数据分析与可视化需求，具体场景包括：

• 学术研究机构、实验室的数据分析工作流
• 生命科学相关数据的交互式探索与可视化
• 需要用户认证和会话管理的多用户数据分析平台
• 支持插件式应用扩展，满足定制化分析需求
• 部署在自有服务器或云平台，提供内部或公共访问服务

详细的使用方法和配置说明

本地部署步骤

1. 准备环境

创建必要的目录结构，用于存储数据和配置：

bash
mkdir -p ~/flaski_data/backup/stats ~/flaski_data/backup/users_data ~/flaski_data/backup/mariadb

2. 克隆代码仓库

bash
git clone git@github.com:mpg-age-bioinformatics/flaski.git
cd flaski

3. 生成环境变量配置文件

创建 .env 文件，包含数据库、Redis 等服务的密码和应用密钥：

bash
cat << EOF > .env
MYSQL_PASSWORD=$(openssl rand -base64 20)  # MariaDB 用户密码
MYSQL_ROOT_PASSWORD=$(openssl rand -base64 20)  # MariaDB 根用户密码
REDIS_PASSWORD=$(openssl rand -base64 20)  # Redis 密码
SECRET_KEY=$(openssl rand -base64 20)  # Flaski 应用密钥
EOF

4. 启动服务

使用 docker-compose 启动 Flaski 服务栈：

bash
docker-compose -f production-compose.yml up -d

5. 邮件日志查看

若需查看邮件日志，可执行以下命令：

bash
docker-compose -f production-compose.yml exec server3 python3 -m smtpd -n -c DebuggingServer localhost:8025

6. 访问服务

Flaski 服务启动后，可通过 https://flaski.localhost 访问。首次启动可能需要几秒时间加载。

7. 配置本地 hosts（如需）

若无法通过 flaski.localhost 访问，需编辑 /etc/hosts 文件，添加以下条目：

127.0.0.1       flaski.localhost

版本控制

Flaski 会话支持版本化，可通过 [***] 查看任何已保存会话的对应版本。若需重现旧版本 Flaski 生成的图表，建议使用配套包 https://github.com/mpg-age-bioinformatics/pyflaski%E3%80%82

引用

Iqbal, A., Duitama, C., Metge, F., Rosskopp, D., Boucas, J. Flaski. (2021). doi:10.5281/zenodo.4849515

致谢

Flaski 使用 https://github.com/FortAwesome/Font-Awesome 工具包构建。有关许可信息，请参阅相应项目文档。

德国马克斯·普朗克衰老生物学研究所生物信息学核心设施。

相关资源

• 教程视频：*** 频道
• 问题反馈：https://github.com/mpg-age-bioinformatics/flaski/issues
• 配套包：https://github.com/mpg-age-bioinformatics/pyflaski%EF%BC%88%E7%94%A8%E4%BA%8E%E5%9B%BE%E5%BD%A2%E7%95%8C%E9%9D%A2%E4%B8%8E%E7%BC%96%E7%A8%8B%E6%8E%A5%E5%8F%A3%E4%BA%A4%E4%BA%92%EF%BC%89